Claudio José Barros de Carvalho - UFPR Biogeografia Histórica e Métodos de análise 14 a 18 de outubro de 2013

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1 1 Disciplina:. Número de horas: 45 horas. Professor Responsável: Prof. Dr. Claudio José Barros de Carvalho, Universidade Federal do Paraná (UFPR). Leitura prévia: Carvalho & Almeida (Eds.) Biogeografia da América do Sul; padrões & processos [capítulos 1, 3-7, 11-14]. Monitores: MSc André Lopes / MSc Tatiana Sepúlveda (PG Entomologia), mestranda Thuane Bochorny (PG Botânica). Objetivos: Permitir a compreensão dos principais métodos de reconstrução histórica de padrões de distribuição; analisar/interpretar padrões de distribuição geográfica de táxons principalmente de ocorrência Neotropical e/ou sul-americanos; utilizar programas computacionais para análises biogeográficas. Ementa: Biogeografia Histórica. Conceitos. Área de distribuição. Áreas de endemismo. Métodos de padrão. Dispersão. Vicariância. Métodos em Biogeografia. Biogeografia filogenética. Pan-biogeografia. Biogeografia cladística. Métodos de eventos. Biogeografia da América do Sul e Central. Biogeografia e conservação. Avaliação: Presença (100%). Conceito: execução dos exercícios práticos (30%), leitura e discussão dos textos em aula (20%), apresentação e atuação no Seminário avaliação dos participantes de cada grupo (50%). Desenvolvimento do Curso: aulas teóricas e práticas, atividades práticas, utilização de programas de computador, discussão de artigos, apresentação de seminários. Atividades serão desenvolvidas para uma melhor compreensão e utilização de métodos biogeográficos usuais, incluindo a leitura e discussão de textos para acompanhamento das aulas e aprofundamento de conhecimentos. Ver textos em: Seminários: 1 artigo por estudante [4 5 estudantes por grupo] relacionado com o tema geral do seminário. Apresentação geral (5 minutos), desenvolvimento (30-40 minutos) e conclusão (5 minutos). Todos participantes deverão apresentar, no mínimo, o seu artigo. Todos os estudantes devem estar presentes no início das atividades do seminário (dia 16 de outubro, sexta-feira, às 08h45min). Apresentação do seminário em arquivo pdf. Material disponibilizado: Programa do Curso com o roteiro da parte prática; dados de distribuição de espécies; links para obtenção dos programas DIVA-GIS, DIVA, Treefitter ( Equipamento necessário do estudante: computador pessoal. Instalar todos os programas previamente ao início do curso. Segunda-feira 14 de outubro de 2013 Dia I. 8h30min: Introdução e planejamento do curso. Módulo I: Evolução do pensamento científico. Módulo II: Biogeografia de padrão: conceitos e terminologia. Dispersão, vicariância.

2 2 12h00min: Almoço. 14h00min: Módulo III (André Lopes). Prática: dados de distribuição, uso de planilhas, mapas e aplicação do DIVA-GIS: geração e exportação de dados. Leitura de artigos para Aula II (dia 15, terça-feira, manhã): Santos & Amorim 2007, Sanmartín Monitores: André Lopes, Tatiana Sepúlveda, Thuane Bochorny. Refs.: Brundin 1972, Bremer 1992, Myers & Giller 1994, Harold & Mooi 1994, Morrone 1994, Ronquist 1994, Wägele 1994, Ronquist 1995, Morrone & Crisci 1995, Morrone et al. 1996, Papavero et al a, Papavero et al b, Papavero et al c, Papavero et. al. 1997, Ameziane & Roux 1997, Brown & Lomolino 1998, Humphries & Parenti 1999, Monge- Nájera 1999, Zunino 2000, Cox 2001, Linder 2001, Morrone 2001a, Rapoport & Mongeau 2001,Morrone 2002a, Szumik et al. 2002, Espinosa et al. 2002, Roig-Juñent et al. 2002, Crisci et al. 2003, Zunino & Zullini 2003, Queiroz 2005, Riddley 2005, McGlone 2005, Crisci et al. 2006, Posada et al. 2006, Santos & Amorim 2007, Escalante 2007, Ebach & Tangley 2007, Sanmartín Terça-feira 15 de outubro de 2013 Dia II. 08h30min: Discussão de artigos: Santos & Amorim 2007, Sanmartín h00min: Módulo IV. Métodos de padrões. Pan-biogeografia. Léon Croizat. Análise de traços: Distância geográfica mínima. Traço. Linhas de base. Centros de massa. Nó biogeográfico. Critério filogenético. Análise Parcimoniosa de endemismos [PAE]. Panbiogeografia quantitativa. Módulo V: Área de endemismos. Biogeografia e conservação. 12h00min: Almoço. 14h00min: Módulo VI (André Lopes). Prática: Exercícios de Pan-biogeografia: confecção de traços individuais e generalizados (ver Nihei & Carvalho 2005, Carvalho & Pont 2006). Artigos para leitura para aula III (dia 16, quarta-feira, pela manhã): Sanmartín 2012, Knapp Monitores: André Lopes, Tatiana Sepúlveda, Thuane Bochorny. Refs.: Nelson 1973, Croizat et al. 1974, Croizat 1982, Craw 1982, Craw 1984a, Craw 1984b, Craw 1984c, Croizat 1984, Craw & Weston 1984, Meachen & Estabrook 1985, Page 1987, Platnick & Nelson 1988, Craw 1988, Grehan 1989, Grehan 1993, Page 1993, Espinosa et al. 2002, Slowinski 1993, Myers & Giller 1994, Morrone & Lopretto 1994, Bond-Buckup & Buckup 1994, Morrone & Crisci 1995, Hadju 1995, Soest & Hajdu 1997, Morrone 1996, Morrone et al. 1996, Franco-Rosselli & Berg 1997, Cortéz-B. & Franco-R. 1997, Fortino & Morrone 1997, Cox 1998, Craw et al. 1999, Humphries & Parenti 1999, Rodrigues & Leitão- Filho 2000, Morrone 2000a, Menu-Marque et al. 2000, Grehan 2001a, b, c, Crisci et al. 2003, Zunino & Zullini 2003, Morrone 2004, Heads 2004, Head 2005, Prevedello & Carvalho 2006, Heads 2006, Malte 2011.

3 3 Quarta-feira 16 de outubro de 2013 Dia III. 8h30min: Discussão de artigos: Sanmartín 2012, Knapp Módulo VII. Métodos a priori e métodos a posteriori. Análise da Parcimônia de Brooks [BPA]. Vicariância. Congruência de padrões. Biogeografia Cladística. Cladograma de área reduzida. Análise dos Componentes. Módulo VIII. Métodos de eventos (Thuane Bochorny). 12h30min: Almoço. 14h00min: Módulo IX (André Lopes). Prática: Utilização dos programas DIVA e Treefitter. Artigo para leitura para aula IV (dia 17, quinta-feira, manhã): Donoghue & Moore 2003, Folinsbee & Evans. 2012, Löwenberg-Neto et al h30min: Definição dos grupos e discussão de artigos que serão utilizados nos seminários. Monitores: André Lopes, Tatiana Sepúlveda, Thuane Bochorny. Refs.: Wilson 1961; Nelson 1973, Nelson & Rosen 1981, Nelson & Platnick 1981, Erwin 1981, Nelson & Platnick 1984, Schuh & Stonedahl 1986, Mayden 1988, Cracraft 1988a, Cracraft 1988b, Page 1988, Rosen & Smith 1988, Brooks 1990, Ronquist & Nylin 1990, Wiley et al. 1991, Nelson & Ladiges 1991, Crisci et al. 1991, Vane-Wright et al. 1991, Brooks & McLennan 1993, Morrone 1993, Espinosa et al. 2002, Page 1993, Page & Ladeard 1994, Morrone 1994, Hedges et al. 1994, Myers & Giller 1994, Amorim & Tozzoni 1994, Morrone & Carpenter 1994, Morrone et al. 1994, Wilkinson 1994, Rosen 1995, Morrone & Crisci 1995, Lovejoy 1996, Costa 1996, Morrone et al. 1996, Monge-Najera 1996, Silva & Oren 1996, Young et al. 1997, Ronquist 1997, Morrone et al. 1997, Hovenkamp 1997, Swofford 1998, Brown & Lomolino 1998, Ronquist 1998a, Ronquist 1998b, Ronquist 2002, Shields 1998, Humphries & Parenti 1999, Posadas & Miranda-Esquivel 1999, Carvalho 1999, Humphries 2000, Marshall & Liebherr 2000, Ron 2000, Veller et al. 2000, Morrone 2001c, Veller & Brooks 2001, Brooks et al. 2001, Posadas et al. 2001, Brooks & McLennan 2001, Crisci 2001, Sanmartin & Ronquist. 2002, Morrone & Escalante, 2002, Yeates et al. 2002, Carvalho & Couri 2002, Szumik et al. 2002, Sanmartin 2003, Crisci et al. 2003, Zunino & Zullini 2003, Brooks & van Veller 2003, Donoghue & Moore 2003, Sanmartíns & Ronquist. 2004, Silva et al. 2004, Nores 2004, Lowenberg-Neto & Carvalho 2004, Santos 2005, Halas et al. 2005, Bortolanza et al. 2006, Nihei 2006, Sanmartin et al Sanmartin et al. 2007, Contreras- Medina et a. 2007, Cavalcanti 2007, Katinas & Crisci 2008, Ree & Smith 2008, Garzón- Orduña et al. 2009, Sanmartín et al. 2008, Heads 2009, Ree & Sanmartín 2009, Kodandaramaiah 2010, Carvalho & Almeida 2011, Löwenberg-Neto et al. 2011, SanMartín 2012, Folinsbee & Evans 2012, Knapp Quinta-feira 17 de outubro de 2013 Dia IV. 08h30min: Módulo X: Evolução da América do Sul. Mar epicontinental. Biogeografia da América Latina e Caribe. Hipóteses biogeográficas: conjecturas e refutações. Discussão de artigos: Donoghue & Moore 2003, Folinsbee & Evans. 2012, Löwenberg-Neto et al h00min: Almoço.

4 4 14h00min: Preparação dos seminários. Ref.: Brown et al. 1981, Heyer & Maxson 1982, Prance 1985, Brown 1986, Mayr & O Hara 1986, Frailey et al. 1988, Cracraft & Prum 1988, Liebherr 1988, Nelson et al. 1990, Ehrlich & Wilson 1991, Vane-Wright et al. 1991, Goldblatt 1993, Hedges et al. 1994, Patton et al. 1994, Rasanen et al. 1995, Webb 1995, Silva 1995a, Silva 1995b, Silva & Straube 1996, Costa 1996, Silva 1997, Costa 1997, Amorim & Pires 1996, Morrone et al. 1996, Morrone et al. 1997, Brown 1997, Morroig & Cerqueira 1997, Morrone & Urtubey 1977, Colinvaux,1998, Malabarba et al. 1998, Carvalho 1999, Morrone 1999, Furley 1999, Nores 1999, Morrone 2000b, Morrone 2000c, Morrone 2000d, Morrone 2001b, Morrone 2001c, Flores & Vidal 2000, Myers et al. 2000, Haffer 1969, 1997, 2001a, 2001b, Cracraft 2001, Carvalho & Couri 2002, Vanzolini 2002, Davis et al. 2002, Morrone 2002b, Costa 2003, Carvalho et al. 2003, Donato et al. 2003, Nihei & Carvalho 2004, Vivo & Carmignotto 2004, Carvalho 2004, Hubert & Renno 2006, Carvalho & Pont 2006, Ribeiro 2006, Bortolanza et al. 2006, Grazziotin et al. 2006, Hayes & Seulal 2006, Paula et al. 2006, Nihei & Carvalho 2007, Santos & Amorim 2007, Ebach & Tangley 2007, Löwenberg-Neto et al. 2008, Nogueira et al. 2011, Ribas et al. 2011, Löwenberg-Neto et al Sexta-feira Seminários 18 de outubro de h00min: Tema 1: Biogeografia do Gondwana. Equipe: 10h00min: Tema 2: Pan-biogeografia (qualquer método de pan-biogeografia). Equipe: 11h00min: Tema 3: Biogeografia da América do Sul ou Central. Biogeografia filogenética e/ou cladística (qualquer método de biogeografia histórica). Equipe: 12h00min: Almoço. 14h00min: Tema 4: Biogeografia Neotropical (qualquer método de biogeografia histórica). Equipe: 15h00min: Tema 5: Biogeografia da região Andina e zona de transição sul-americana (qualquer método de biogeografia histórica). Equipe: 16h00min: 6: Biogeografia e Áreas de conservação/padrões macroecológicos (qualquer método de biogeografia histórica). Equipe: 17h00min: Padrões e Processos. Encerramento do Curso.

5 5 Referências citadas: Ameziane, N. & M. Roux Biodiversity and historical biogeography of stalked crinoids (Echinodermata) in the deep sea. Biodiversity and Conservation 6: Amorim, D. de S Dos Amazonias, pp In: J. Llorente & J.J. Morrone, Introducción a la Biogeografía en la Latinoamérica: Teorías, conceptos, métodos y aplicaciones. Las Prensas de Ciencias, Faculdad de Ciencias, 277 pp. Amorim, D. de S. & M.R.S. Pires Neotropical Biogeography and methods for maximum biodiversity estimation, p In: Bicudo, C.E.M. & N.A. Menezes (eds.). Biodiversity in Brazil, a first approach. CNPq, São Paulo, 326 p. Amorim, D. de S. & S.H.S. Tozzoni Phylogenetic and biogeographic analysis of the Anisopodoidea (Diptera, Bibionomorpha), with an area cladogram for intercontinental relationships. Revista brasileira de Entomologia 38: Bond-Buckup, G. & L. Buckup A família Aeglidae (Crustacea, Decapoda, Anomura). Arquivos de Zoologia do Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo 32: Bortolanza, M.; C.J.B. de Carvalho & A.P.C. Lara A new species of Coenosopsia Malloch (Diptera, Anthomyiidae) from southern Brazil and a reappraisal of the cladistic analysis of the genus. Zootaxa 1242: Bremer, K Ancestral areas: a cladistic reinterpretation of the center of origin concept. Systematic Biology 4: Brooks, D.R Parsimony analysis in historical biogeography and coevolution: Methodological and theoretiacal update. Systematic Zoology 39: Brooks, D.R. & M.G.P. van Veller Critique of parsimony analysis of endemicity as a method of historical biogeography. Journal of Biogeography 30: Brooks, D.R.; M.G.P. van Veller & D.A. McLennan How to do BPA, really. Journal of Biogeography 28: Brooks, D.R. & D.A. McLennan Parascript; parasites and the language of evolution. Smithsonian Institute Press. Washington. 429p. Brooks, D.R. & D.A. McLennan A comparison of a discovery-based and an event-based method of historical biogeography 28: Brooks, D.R. & T.B. Thorson & M.A. Mayes Fresh-waters stingrays (Potamotrygonidae) and their helminth parasites: testing hypotheses of evolution and coevolution, p In: Funk, V.A. & D.R. Brooks (eds.). Advances in Cladistic. I. Meeting of the Willi Hennig Society, New York Botanical Garden. New York. Proceedings. Brown, J.H. & M.V. Lomolino Biogeography, 2nd edition, Sunderland, Sinauer Associations, 691 p. Brown, K Zoogeografia da região do Pantanal Mato-grossense, pp In: Anais do 1 o. Simpósio sobre recursos naturais e sócio-econômicos do Pantanal. Embrapa, Brasília.

6 6 Brown, K Diversity, disturbance, and sustainable use of Neotropical forests: insects as indicators for conservation monitoring. Journal of Insect Conservation 1: Brundin, L Phylogenetics and Biogeography. Systematic Zoology 21: Carvalho, C.J.B. de Revision, Cladistics and Biogeography of the Neotropical genus Souzalopesmyia Albuquerque (Diptera, Muscidae). Proceedings of Entomological Society of Washington 101: Carvalho, C.J.B. de Ferramentas atuais da Biogeografia histórica para utilização em conservação, p In: Milano, M.S.; L.Y. Takahashi & M. de L. Nunes (org.). Unidades de Conservação: atualidades e tendências Curitiba, Fundação O Boticário de Proteção da Natureza, 208 p. Carvalho, C.J.B. de & E.A.B. Almeida (Eds.) Biogeografia da América do Sul; padrões & processos. São Paulo, Editora Roca, 306 p. Carvalho, C.J.B. de; M. Bortolanza, M.C.C. da Silva & E.D.G. Soares Distributional patterns of the Neotropical Muscidae (Diptera). In: Morrone, J.J. & J. Llorente B. (Eds), Una perspectiva Latinoamericana de la Biogeografía, pp Las Prensas de Ciencia, Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma de México. México. Carvalho, C.J.B. de & M.S. Couri A Cladistic and Biogeographic analysis of Apsil Malloch and Reynoldsia Malloch (Diptera, Muscidae) of southern South America. Proceedings of the Entomological Society of Washington 104: Carvalho, C.J.B. de & A.C. Pont Revision, cladistics and biogeography of the South American genus Brachygasterina (Diptera: Muscidae). Zootaxa 1151: Cavalcanti, M Biogeography in a changing world. Biogeography 2: Colinvaux, P.A A new vicariance model for Amazonian endemics. Global Ecol. Biogeog. Letters 7: Contreras-Medina, R.; I.L. Vega & J.J. Morrone Gymnosperms and cladistic biogeography of the Mexican Transition Zone. Taxon 65: Cortés-B. R. & Franco-R. Pilar Analisis panbiogeografico de la flora de Chiribiquete, Colombia. Caldasia 19: Costa, L.P The historical bridge between the Amazon and the Atlantic Forest of Brazil: a study of molecular phylogeography with small mammals. Journal of Biogeography 30: Costa, W.J.E.M Phylogenetic and biogeographic analysis of the Neotropical annual fish genus Simpsonichthys (Cyprinodontiformes: Rivulidae). Journal of Comparative Biology 1: Costa, W.J.E.M Phylogeny and classification of the Cyprinodontidae revisted (Teleostei: Cyprinodontiformes): are andean and anatolian killifishes sister taxa? Journal of Comparative Biology 2: 1-17.

7 7 Couri, M.S. & C.J.B. de Carvalho A review of the Neotropical genus Drepanocnemis Stein (Diptera, Muscidae), with phylogenetic and biogeographic analysis of its species. Journal of Natural History 42 (41-41): Cox, C.B From generalized tracks to ocean basins how useful is Panbiogeography? Journal of Biogeography 25: Cox, C.B The biogeographic regions reconsidered. Journal of Biogeography 28: Cracraft, J. 1988a. Vicariance biogeography: theory, methods, and applications. Systematic Zoology 37: Cracraft, J. 1988b. Deep-history biogeography: retrieving the historical pattern of evolving continental biotas. Systematic Zoology 37: Cracraft, J Avian evolution, gondwana biogeography and the Cretaceous-Tertiary mass extinction event. Proc. R. Soc. Lond. B 268: Cracraft, J. & R. Prum Patterns and processes of diversification: speciation and historical congruence in some neotropical birds. Evolution 42: Craw, R.C Phylogenetics, areas, geology and the biogeography of Croizat: a radical view. Systematic Zoology 31: Craw, R.C. 1984a. Never a serious scientist: the life of Leon Croizat. Tuatara 27: 5-7. Craw, R.C. 1984b. Leon Croizat s biogeographic work: a personal appreciation. Tuatara 27: Craw, R.C. 1984c. Evolution by law: Croizat s Orthogeny and Darwin s Laws of growth. Tuatara 27: Craw, R.C Continuing the synthesis between panbiogeography, phylogenetic systematics and geology as illustrated by empirical studies on the biogeography of New Zealand and the Chatham Islands. Systematic Zoology 37: Craw, R.C.; J.R. Grehan & M.J. Heads Panbiogeography; tracking the history of life. New York, Oxford University Press, 229 p. Craw, R.C. & P. Weston Panbiogeography: a progressive research program? Systematic Zoology 33: Crisci, J.V The voice of historical biogeography. Journal of Biogeography 28: Crisci, J.V.; M.M. Cigliano; J.J. Morrone & S. Roig-Juñent Historical biogeographical of southern South America. Systematic Zoology 42: Crisci, J.V.; L. Katinas & P. Posadas Historical Biogeography. Cambridge, Harvard University Press, 250 p. Crisci, J.V.; O.E. Sala; L. Katinas & P. Posadas Bridging historical and ecological approaches in biogeography. Australian Systematic Botany 19: 1-10.

8 8 Croizat, L Space, Time and Form. Croizat, L Vicariance/vicarism, panbiogeography, Vicariance biogeography, etc.; a clarification. Syst. Zool. 31: Croizat, L Mayr vs. Croizat: Croizat vs. Mayr an enquiry. Tuatara 27: Croizat, L.; G. Nelson & D.E. Rosen Centers of origin and related concepts. Systematic Zoology 23: [pdf apenas do manuscrito original] Davis, A.L.V.; C.H. Scholtz & T.K. Philips Historical biogeography of scarabaeine dung beetles. Journal of Biogeography 29: Donato, M.; P. Posadas; D.R. Miranda-Esquivel; E.O. Jaureguizar & G. Cladera Historical biogeography of the Andean region: evidence from Listroderina (Coleoptera: Curculionidae: Rhytirrhinini) in the context of the South American geobiotic scenario. Biological Journal of the Linnean Society 80: Donoghue, M.J. & B.R. Moore Toward an Integrative Historical Biogeography. Integr. Comp. Biol. 43: Ebach, M Biogeógrafos del mundo uníos! Un camino hacia la unificación. Revista de Geografia Norte Grande 48:5-10. Ebach, M.C. & Tangney, R.S. (Eds.) Biogeography in a Changing World. The Systematic Association, special volume Series 70, CRC Press, 212 p Ehrlich, P.R. & E.O. Wilson Biodiversity studies: science na policy. Science 253: Escalante, T Integrando biogeografía histórica y ecológica: el caso de los mamíferos terrestres de México. Biogeografía 2: Espinosa, D.; J.J. Morrone; J. Llorente & O. Flores Introducción al análisis de patrones en biogeografía histórica. Las Prensas de Ciencia, Faculdad de Ciencias, UNAM, 133 p. Flores, G.E. & P. Vital Cladistic analysis of the chilean genus Calliyntra Solier (Coleoptera: Tenebrionidae), with description of a new species. Journal of New York Entomogical Society 108: Folinsbee & Evans A protocol for temporal calibration of general area cladograms. Journal of Biogeography 39: Frailey, C.D.; E.L. Lavina; A. Rancy & J.P. de Souza Filho A proposed pleistocene/ holocene lake in the Amazon basin and its significance to Amazonian geology and biogeography. Acta Amazonica 18: Franco-Rosselli, P. & C.C. Berg Distributional patterns of Cecropia (Cecropiaceae): a panbiogeographic analysis. Caldasia 19: Furley, P.A The nature and diversity of Neotropical savanna vegetation with particular reference to the Brazilian cerrados. Global Ecology and Biogeography 8:

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10 10 Heads, M Towards a panbiogeography of the seas. Biological Journal of the Linnean Society 84: Heads, M Panbiogeography of Nothofagus (Nothofagaceae): analysis of the main species massings. Journal of Biogeography 33: Heads, M Inferring biogeographic history from molecular phylogenies. Linnean Journal of th Linnean Society 98: Heyer, W.R. & L.R. Maxson Neotropical frog Biogeography: paradigms and problems. American Zoologist 22: Hovenkamp, P Vicariance events, not areas, should be used in biogeographical analysis. Cladistics 13: Huber, N. & Renno, J.-F Historical biogeography of South American freshwater fishes. Journal of Biogeography 33: Humphries, C.J Form, space and time; which comes first? Journal of Biogeography 27: Humphries, C.J. & L.R. Parenti Cladistic Biogeography. 2 ª Ed. Oxford University Press. 187 p. Katinas, L. & J. Crisci Reconstructing the biogeographical history of two plant genera with different dispersion capabilities. Journal of Biogeography 35: Knapp, S What, Where, and When? Science 341: Kodandaramaiah, U. Use of dispersal-vicariance analysis in biogeography a critique. Journal of Biogeography 37: Liebherr, J.K. (ed.) Zoogeography of Caribblean Insects. Comstock Publishing Associates. Ithaca. 285 p. Linder, H.P On areas of endemism, with an example from the African Restionaceae. Systematic Biology 50 (6): Lovejoy, N.R Systematic of Myliobatoids elasmobranchias: with emphasis on the phylogeny and historical biogeography of Neotropical stingrays (Potamotryconidae, Rajiformes). Zoological Journal of Linnean Society 117: Löwenberg-Neto, P. & C.J.B. de Carvalho Análise Parcimoniosa de Endemicidade (PAE) na delimitação de áreas de endemismos: inferências para conservação da biodiversidade. Natureza & Conservação 2: Löwenberg-Neto, P.; C.J.B. de Carvalho & J.A. Diniz-Filho Spatial congruence between biotic history and species richness of Muscidae (Diptera, Insecta) in the Andean and Neotropical regions. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research 46 (4):

11 11 Löwenberg-Neto, P.; C.J.B. de Carvalho & B.A. Hawkins Tropical niche conservatism as a historical narrative hypothesis for the Neotropics: a case study using the fly family Muscidae. Journal of Biogeography 38: Löwenberg-Neto, P.; K.L.F. Haseyama & C.J.B. de Carvalho Historical biogeography of the Fanniidae (Insecta, Diptera): A commentary on the age of the family. Revista Chilena de Historia Natural 85: Malabarba, L.R.; R.E. Reis; R.P. Vari; Z.M.S. Lucena & C.A.S. Lucena (eds.) Phylogeny and Classification of Neotropical fishes. Porto Alegre, EDIPUCRS, 603 p. Marroig, G. & R. Cerqueira Plio-Pleistocene South American history and the Amazon lagoon hypothesis: a piece in the puzzle of Amazonian diversification. Journal of Comparative Biology 2: Marshall, C.J. & J.K. Liebherr Cladistic biogeography of the Mexican transition zone. Journal of Biogeography 27: Mayden, R.L Vicariance Biogeography, parsimony, and evolution in North American freshwater fishes 37: Mayr, E. & R.J. O Hara The biogeographic evidence supporting the Pleistocene forest refuge hypothesis. Evolution 40: McGlone, M.S Goodbye Gondwana 32: Meacham, C.A. & G.F. Estabrook Compatibility Methods in Systematic. Annual Review of Ecology and Systematics 16: Menu-Marque, S.; J.J. Morrone & C.L. de Mitrovich Distributional patterns of the south American species of Boeckella (Copepoda: Centropagidae): a track analysis. Journal of Crustacean Biology 20: Monge-Najera, J Jurasic-Pliocene biogeography: testing a model with velvet worm (Onychophora) vicariance. Revista de Biologia Tropical 44: Monge-Najera, J Historical biogeography: status and goals for the 21 st century. Gayana 63: Morrone, J.J Cladistic and biogeographic analyses o the weevil genus Listroderes Schoenber (Coleoptera: Curculionidae). Cladistics 9: Morrone, J.J On the identification of areas of endemism. Systematic Biology 43: Morrone, J.J Austral biogeography and relict weevil taxa (Coleoptera: Nemonychidae, Belidae, Brentidae, and Caridae). Journal of Comparative Biology 1: Morrone, J.J How can biogeography and cladistics interact for the selectiion of áreas for biodiversity conservation? A view from Andean weevils (Coleoptera: Curculionidae). Biogeographica 75:

12 12 Morrone, J.J. 2000a. Entre el scarnio y el enconmio. Leon Croizat y la Panbiogeografía. Interciencia 25: Morrone, J.J. 2000b. A new regional biogeography of the Amazonian subregion, mainly based on animal taxa. Anales del Instituto de Biologia Universidad Nacional Autônoma de México, Serie Zoologia 71: Morrone, J.J. 2000c. What is the Chacoan subregion. Neotropica 46: Morrone, J.J. 2000d. La importância de los Atlas biogeográficos para la convervación de la biodiversidad, p In: Piera, F.M.; J.J. Morrone & A. Melic. (eds.), PrIBES Morrone, J.J. 2001a. Sistemática, biogeografia, evolução; los padrones de la biodivesidad em tiempo-espacio. Facultad de Ciências, UNAM. 124 p. Morrone, J.J. 2001b. Biogeografia de América Latina y el Caribe. M&T-Manuales & Tesis SEA, vol. 3. Zaragoza, 148 p. Morrone, J.J. 2001c. Homology and areas of endemism. Diversity and Distributions 7: Morrone, J.J. 2002a. Biogeographical regions under track and cladistic scrutiny. Journal of Biogeography 29: Morrone, J.J. 2002b. The Neotropical Weevil genus Entimus (Coleoptera: Curculionidae: Entiminae): cladistics, biogeography, and modes of speciations. The Coleopterists Bulletin 56: Morrone, J.J Panbiogeografia, components bióticos y zonas de transición. Revista Brasileira de Entomologia 48: Morrone, J.J Cladistic Biogeography: identity and place. Journal of Biogeography 32: Morrone, J.J Biogeographic areas and transition zones of Latin America and the Caribbean Islands based on panbiogeographic and cladistic analyses of the entomolofauna. Annu. Rev. Entomol. 51: Morrone, J.J. & J.V. Crisci Panbiogeografia: Fundamentos y métodos. Evol. Biol. (Bogotá), 4: Morrone, J.J. & J.V. Crisci Historical Biogeography: introduction to methods. Annual Review Ecological Systematic. 26: Morrone, J.J. & J.M. Carpenter In search of a method for cladistic biogeography: na empirical comparation of component analysis, Brooks parsimony analysis, and three-area statement. Cladistics 10: Morrone, J.J. & T. Escalante Parsimony Analysis of Endemicity (PAE) of Mexican terrestrial mammals at different area units: when size matters. Journal of Biogeography 29: 1-10.

13 13 Morrone, J.J.; Espinosa, D. & Llorente, J Manual de Biogeografia Histórica. Universid Nacional Autónoma de México. México.155p. Morrone, J.J.; L. Katinas & J.V. Crisci A cladisic biogeographic analysis of Central Chile. Journal of Comparative Biology 2: Morrone, J.J.; S.R. Junent & J.V. Crisci South American Beetles. Nat. Geog. Res. Exp. 10: Morrone, J.J. & E.C. Lopretto Distributional patterns of freshwater Decapoda (Crustacea: Malocostraca) in southern America: a panbiogeographic approach. Journal of Biogeography 21: Morrone J.J. & E. Urtubey Historical biogeography of the northern Andes: a cladistic analysis based on fiver genera of Rhytirrhinini (Coleoptera: Curculionidae) and Barnadesia (Asteraceae). Biogeographica 73: Myers, N.; R.A. Mittermeier, C.G. Mittermeier, G.A.B. da Fonseca & J. Kent Biodiversity hotspots for conservation priorities. Nature 403: Myers, A.A. & P.S. Giller. (eds.) Analytical Biogeography; an integrated approach to the study of animal and plant distributions. Reprint. Capman & Hall. London. 578p. Nelson, B.W.; C.A.C. Ferreira; M.F. da Silva & M.L. Kawasaki Endemism centres, refugia and botanical collections density in Brazilian Amazonia. Nature 345: Nelson, G Comments on Leon Croizat s Biogeography. Systematic Zoology 22: Nelson, G. & P.Y. Ladiges Three-area statements: standard assumptions for biogeographic analysis. Systematic Zoology. 40: Nelson, G. & N. Platnick Systematics and Biogeography, cladistics and vicariance. Columbia University Press. New York. 567 p. Nelson, G. & N. Platnick Biogeography. Carolina Biology Readers, 16p. Nelson, G. & D.E. Rosen. (eds.) Vicariance Biogeography; a critique. Columbia University Press. New York. 593 p. Nihei, S.S Misconceptions about use of Parsimony Analysis of Endemicity. Journal of Biogeography. Nihei, S.S. & C.J.B. de Carvalho Taxonomy, cladistics and biogeography of Coenosopsia Malloch (Diptera, Anthomyiidae) and its significance to the evolution of anthomyiids in the Neotropics. Systematic Entomology 29: Nihei, S. S. & Carvalho, C.J.B. de Distributional patterns of the Neotropical fly genus Polietina Schnabl & Dziedzicki (Diptera, Muscidae): a phylogeny-supported analysis using Panbiogeographic tools. Papéis Avulsos de Zoologia 45 (25):

14 14 Nihei, S.S. & C.J.B. de Carvalho Systematics and biogeography of Polietina Schnabl & Dziedzicki (Diptera, Muscidae): Neotropical areas relationships and Amazonia as a composite area. Systematic Entomology 32: Nogueira, C.; S. Ribeiro; G. C. G. R. Colli Vicariance and endemism in a Neotropical savanna hotspot: distribution patterns of Cerrado squamate reptiles. Journal of Biogeography 38: Nores, M An alternative hypothesis for the origin of Amazonian bird diversity. Journal of Biogeography 26: Nores, M The implications of Tertiary and Quaternary sea level rise events for avian distribution patterns in the lowlands of northern South America. Global Ecology and Biogeography 13: Page, R.M Graphs and generalized tracks: quantifying Croizat s panbiogeography. Systematic Zoology 36: Page, R.M Quantitative cladistics biogeography: constructing and comparing area cladograms. Systematic Zoology 37: Page, R.M Component, version 2.0. The Natural History Museum, London. Page, R.M. & C. Lydeard Towards a cladistic biogeography of the Caribbean. Cladistics 10: Papavero, N.; D.M. Teixeira & J. Llorente-Bousquets Historia da Biogeografia no período Pré-evolutivo. Plêiade/Fapes. São Paulo. 258 p. Papavero, N.; J. Llorente-Bousquets & D. Espinosa-Organista. 1995a. Historia de la Biologia comparada desde el génesis hasta el siglo de las luces. Volume I. Del génesis a la caída del imperio romano de Ocidente. Universidade Nacional Autónoma do México. México. 203p. Papavero, N.; J. Llorente-Bousquets & D. Espinosa-Organista. 1995b. Historia de la Biologia comparada desde el génesis hasta el siglo de las luces. Volume II. La idad media. Universidade Nacional Autónoma do México. México. 242p. Papavero, N.; J. Llorente-Bousquets & D. Espinosa-Organista. 1995c. Historia de la Biologia comparada desde el génesis hasta el siglo de las luces. Volume III. De Nicolás de cusa a Francis Bacon. Universidade Nacional Autónoma do México. México. 257p. Patton, J.L.; M.N.F. da Silva & J.R. Malcolm Gene genealogy and differentiation among arboreal spiny rats (Rodentia: Echimyidae) of the Amazon basin: a test of the riverine barrier hypothesis. Evolution 48: Paula, A.S. de; L. Diotaiuti & C. Galvão Systematics and biogeography of Rhodniini (Heteroptera: Reduviidae: Triatominae) based on 16S mitochondrial rdna sequences. Journal of biogeography. Peterson, A. T. & D. Watson Problems with areal definitions of endemism: the effects of spatial scaling. Divers Distrib 4:

15 15 Pinto-da-Rocha, R.; M.B. da Silva & C. Bragagnolo Faunistic similarity and historical biogeography of the harvestment of southern and southeastern atlantic rain forest of Brazil. The Journal of Arachnology 33: Platnick, N.I. & G. Nelson Spanning-tree biogeography: Shortcut, detour, or dead-end? Systematica Zoology 37: Posadas, P. & J.V. Crisci & L. Katinas Historical biogeography: a review of its basic concepts and critical issues. Journal of Arid Environments 66: Posadas, P. & D.R. Miranda-Esquivel El PAE (Parsimony Analysis of Endemicity) como uma herramienta em la evaluación de la biodiversidad. Revista Chilena de Historia Natural 72: Posadas, P.; D.R. Miranda-Esquivel & J.V. Crisci Using phylogenetic diversity measurees toset priorities in Conservation: an example from southern South America. Conservation Biology 15: Prance, G.T The changing forests, pp In: G.T. Prance & T.E. Lovejoy (eds.). Amazonia. Pergamon Press, Oxford. Prevedello, J.A. & C.J.B. de Carvalho Conservação do Cerrado brasileiro: o método pan-biogeográfico como ferramenta para a seleção de áreas prioritárias. Natureza e Conservação 4: Queiroz A The resurrection of oceanic dispersal in historical biogeography. Trends in Ecology and Evolution 20: Rapoport, E.H. & J.A. Monjeau Areografía, pp In: J. Llorente & J.J. Morrone, Introducción a la Biogeografía en la Latinoamérica: Teorías, conceptos, métodos y aplicaciones. Las Prensas de Ciencias, Faculdad de Ciencias, 277 pp. Rasanen, M.E.; A.M. Linna; J.C.R. Santos & F.R. Negri Late Miocene tidal deposits in the Amazonian foreland basin. Science 269: Ree, R.H. & I. Sanmartín Propects and challenges for parametric models in historical biogeographical inference. Journal of Biogeography 36: Ree, R.H. & S.A. Smith Maximum likelihood inference of geographic range evolution by dispersal, local extinction, and cladogenesis. Systematic Biology 57: Ribas, C.; A. Aleixo; A.C.R. Nogueira; C.Y. Miyaki & J. Cracraft A paleobiogeographic model for biotic diversification within Amazonia over the past three million years. Proceedings of Royal society B (on line 27 July 2011). Ribeiro, A.C Tectonic history and the biogeography of the freshwater fishes from the coastal drainages of eastern Brazil: an exemple of faunal evolution associated with a divergent continental margin. Neotropical Ichthyology 4: Riddley, B.R Is biogeography emerging from its identity crisis? Journal of Biogeography 32:

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17 17 Sanmartin, I., Wanntorp, L. & R. C. Winkworth West Wind Drift revisited: testing for directional dispersal in the Southern Hemisphere using event-based tree fitting. Journal of Biogeography 34: Sanmartin, I.; P. van der Mark & F. Ronquist Inferring dispersal: a Bayesian approach to phylogeny-based island biogeography, with special reference to the Canary Islands. Journal of Biogeography 35: Santos, C.M. dos Parsimony analysis of endemicity: time for an epitaph? Journal of Biogeography: 1-3. Santos, C.M. dos & D.S. Amorim Why biogeographical hypotheses need a well supported phylogenetic framework: a conceptual evaluation. Papéis Avulsos de Zoologia, 47: Schuh, R.T. & G.M. Stonedahl Historical Biogeography in the Indo-Pacific: a cladistic approach. Cladistics 2: Schühli, G.S. e & C.J.B. de Carvalho Revision and cladistics of the Neotropical genus Pseudoptilolepis Snyder, 1949 (Diptera: Muscidae. Revista Brasileira de Zoologia 22: Silva, J.M.C. da. 1995a. Avian inventory of the cerrado region, South America: implication for biological conservation. Bird Conservation International 5: Silva, J.M.C. da. 1995b. Biogeography analysis of the South American Cerrado avifauna. Steenstrupia 21: Silva, J.M.C. da Endemic bird species and conservation in the Cerrado Region, South America. Biodiversity and Conservation 6: Silva, J.M.C. da Areas of endemism for passerine birds in the Atlantic forest, South America. Global Ecology and Biogeography 13: Silva, J.M.C. da & D.C. Oren Application of parsimony analysis of endemicity in Amazonas biogeography: an example with primates. Biological Journal of the Linnean Society 59: Silva, J.M.C. da & F.C. Straube Systematics and biogeography of scaled woodcreepers (Aves: Dendrocolaptidae). Stud. Neotro. Fauna & Environm. 31:3-10. Shields, O Upper Triassic Pacific vicariance as a test of geological theories. Journal of Biogeography 25: Slowinski, J.B Review of Component, v Cladistics 9: Soares, E.D.G. & C.J.B. de Carvalho Taxonomia, análise cladística e descrição de uma espécie nova de Palpibracus Rondani (Diptera, Muscidae). Revista Brasileira de Entomologia 49: Soest, R.W. M. van & E. Hajdu Marine area relationships from sponge phylogenies. A comparison of Methods and coding strategies. Cladistics 13: 1-20.

18 18 Soares, E.D.G. & C.J.B. de Carvalho Biogeography of Palpibracus (Diptera: Muscidae): an integrative study using panbiogeography, parsimony analysis of endemicity and component analysis, p In: J. Llorente & J.J. Morrone. (Eds.). Regionalización biogeográfica en Iberoamérica y tópicos afines. México, Universidad Autonoma de Mexico. Swofford, D.L Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Version 4.0 beta version, 128 p. Szumik, C.A.; F. Cuezzo; P.A. Goloboff & A.E. Chalup An optimality criterion to determine areas of endemism. Systematic Biology 51: Szumik, C.A. & Goloboff Computer programs to identify areas de endemism. Szumik, C.; D. Casagranda; S. Roig Manual de NDM/VNDM: Programas para la identificación de áreas de endemismo. Instituto Argentino de Estudios Filogenéticos, año V, 3: Acesso em: 23/set/2009. Vanzolini, P.E A second note on the geographical differentiation of Amphisbaena fuliginosa L., 1758 (Squamata, Amphisbaenidae), with a consideration of the Forest refuge model of speciation. Anais da Academia Brasileira de Ciências 74: Vane-Wright, R.I.; C.J. Humphries & P.H. Willians What to protect? - Systematics and the agony of choice. Biol. Conserv., 55: Veller, M.G.P. van; M. Zandee & D.J. Kornet Two requirements for obtaining valid common patterns under different assumptions in vicariance biogeography. Cladistics 15: Veller, M.G.P. van; D.J. Kornet & M. Zandee Methods in vicariance Biogeography: assessment of the Implementations of assumptions 0, 1, and 2. Cladistics 16: Veller, M.G.P. van & D.R. Brooks When simplicity is not parsimonious: a priori and a posteriori methods in historical biogeography. Journal of Biogeography 28: Vivo, M. de & A.P. Carmignotto Holocene vegetation change and the mammal faunas of South America and Africa. Journal of Biogeography 31: Wägele, Johann-Wolfgang Notes on Antarctic and South American Serolidae (Crustacea, Isopoda) with remarks on the phylogenetic Biogeography and a description of new genera. Zool. Jb. Syst. 121: Webb, S.D Biological implications of the middle Miocene Amazon Seaway. Science 269: Wiley, E.O.; D. Siegel-Causey; D.R. Brooks & V.A. Funk The Compleat Cladist; a primer of phylogenetic procedures. The University of Kansas, Museum of Natural History (Special Publications No. 19). Laurence. 158p. Wilkinson, M Three-taxon statements: when is a parsimony analysis also a clique analysis? Cladistics 10:

19 19 Wilson, E.O The nature of the taxon cycle in the Melanesian and fauna. The American Naturalist 95 (882): < > Yeates, D.K.; P. Bouchard & G.B. Monteith Patterns and levels of endemism in the Australian Wet Tropics rainforest: evidence from flightless insects. Invertebrate Systematics 16: Young, C.M.; M.A. Sewell; P. A. Tyler & A. Metaxas Biogeographic and bathymetric ranges of Atlantic deep-sea echinoderms and ascidians: the role of larval dispersal. Biodiversity and Conservation 6: Zunino, M El concepto de Área de distribuicion: algunas reflexiones teóricas, pp In: Martin-Piera, F., J.J. Morrone & A. Melic (eds), Hacia un Proyecto Cyted para el Inventario y Estimación de la Diversidad Entomológica en Iberoamérica: PrIBES m3m- Monografias Tercer Milenio, vol. 1, Sociedad Entomológica Aragonesa (SEA), Zaragoza, 326 pp. Zunino, M. & A. Zullini Biogeografía; la dimensión espacial de la evolutión, México, Fondo de Cultura Econômica, 359 p.

20 20 AULAS PRÁTICAS Créditos: O roteiro para utilização do programa DIVA-GIS foi confeccionado por Kirstern Lica F. Haseyama < licahaseyama@yahoo.com.br>. O Prof. Peter Löwenberg-Neto <peter.lowenberg.neto@gmail.com > desenvolveu o shapefile das regiões biogeográficas de Morrone (2006). Os roteiros com DIVA e Treefitter foram utilizados nas aulas do I Workshop em Biogeografia (desenvolvidos por Isabel Sanmartín), realizado de 13/18 de junho de 2013 no Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, coordenado pelos Profs. Silvio S. Nihei <silvionihei@gmail.com > e Eduardo A.B. Almeida < eabalmeida@gmail.com >.

21 21 AVISOS GERAIS 1 Instalem as versões indicadas para cada um dos programas. Para alguns programas, as versões podem ser diferentes entre si e podem não abrir o formato de arquivo específico (por exemplo, DIVA-GIS). Caso possua uma versão instalada na sua máquina, pedimos que instale a versão que estamos indicando (quando esta é expressamente indicada), caso contrário, você pode não conseguir trabalhar com os arquivos disponibilizados para os exercícios práticos. É altamente recomendável que você instale todos os programas a serem utilizados no curso em um diretório comum e que este esteja localizado logo na raiz (C:\). É altamente recomendável também que este diretório comum e qualquer uma de suas subpastas tenha o nome curto (8 ou menos letras), sem maiúsculas, sem espaços e sem pontuações-acentuações. Isto porque alguns dos programas a serem utilizados só podem ser acessados via Prompt de Comando por linguagem DOS. Pode ser que você nunca tenha experimentado isso antes. Por exemplo, Meus Documentos vira Meus docum~. O importante é simplificar agora, para que depois você consiga acessar os arquivos da forma mais rápida e simples possível. 1) DIVA-GIS 7.5 Disponível em Podem ocorrer alguns problemas com a utilização do programa, que inclui travamentos, geralmente esporádicos e a baixa qualidade gráfica dos mapas produzidos, quando estes são muito grandes. Uma dificuldade adicional é que o programa parece não funcionar com versões do Microsoft Office anteriores a Também ocorrem problemas ao tentar rodar o programa em computadores Mac, mesmo com a versão específica indicada no site. 2) DIVA 3) TreeFitter 1 Texto modificado do I Workshop em Biogeografia (13/18 de junho de 2013) (S.S. Nihei & E.A.B. Almeida)

22 22 Aula prática - segunda-feira (14 de outubro de 2013) Estão disponíveis para os estudantes planilhas em formato Excel com dados de distribuição de espécies de três gêneros de Muscidae (Insecta, Diptera) (veja abaixo). As planilhas estão completas, com dados de gênero, espécie, país, estado (província/departamento), localidade, longitude/latitude (modificados). O cladograma de Polietina e traços individuais e generalizado estão disponíveis em Nihei & Carvalho (2005) (cópia anexada). Os cladogramas das espécies de Brachygasterina e Palpibracus estão inseridas nos Anexos. As coordenadas geográficas das localidades podem ser encontradas em páginas eletrônicas, bancos de dados, sites da internet, como: PRCIVI95/IBGE Sistema de apresentação de dados do Cadastro de Cidades e Vilas do Brasil; The Getty Thesaurus of Geographic Names browser < research/tools/vocabulary/tgn/index.html> ; Global Gazetteer < Georeferencing for natural history collections < Species Link < Google Earth < e outros sites que possam fornecer informações sobre a localização geográfica (latitude e longitude) dos grupos estudados. Endereços eletrônicos poderão também ser acessados a partir da página eletrônica do Curso de Biogeografia para Ciências Biológicas da UFPR < >. O programa DIVA-GIS é um programa de análise espacial gratuito, e pode ser baixado em Entre suas vantagens, além da sua gratuidade, estão o seu reduzido tamanho e a compatibilidade de seus arquivos com outros programas de análise espacial. Alguns problemas incluem travamentos, geralmente esporádicos e a baixa qualidade gráfica dos mapas produzidos, quando estes são muito grandes. Uma dificuldade adicional é que o programa parece não funcionar com versões do Microsoft Office anteriores a Também não obtivemos sucesso em rodar o programa com computadores Mac. A prática deverá ser desenvolvida em três etapas: Etapa 1: utilize os dados de Brachygasterina (Insecta, Diptera, Muscidae) (Carvalho & Pont 2006). Etapa 2: utilize os dados de Palpibracus (Insecta, Diptera, Muscidae) (Soares & Carvalho 2005). Etapa 3: utilize os dados de Polietina (Insecta, Diptera, Muscidae) (ver Nihei & Carvalho 2005). 1. Gerando o mapa: 1.1 O primeiro passo para gerar um mapa no DIVA-GIS é abrir um shapefile (arquivos extensão.shp). Isto pode ser feito clicando-se no símbolo + na barra de ferramentas. Este será o mapa no qual os pontos serão projetados; 1.2 Posteriormente, os pontos podem ser adicionados ao mapa. Existem quatro tipos de arquivos que podem ser utilizados para informar ao programa as coordenadas dos pontos: texto