Introdução ao SRS Sequence Retrieval System. Marcelo Falsarella Carazzolle

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Maria do Carmo Wagner Paiva
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1 Introdução ao SRS Sequence Retrieval System Marcelo Falsarella Carazzolle

2 Resumo Motivação Introdução Bancos de Dados Ferramentas de bioinformática SRS Exemplos

3 Motivação Existem muitos bancos de dados de informações biológicas e com diferentes enfoques : NCBI KEGG EMBL... Muitos dados são redundantes nos diferentes bancos e muitas vezes desconectados

4 Existem muitas ferramentas de bioinformática disponíveis na WEB : Algumas são online : Clustalw Blast Primer3 Outras que necessitam de instalação local : Emboss Generunner

5 Introdução SRS é uma programa que : Gerencia bancos de dados : Eliminando a redundância Conectando-os através dos arquivos de índices Permitindo realizar consultas por : Palavra chave Similaridade em sequências (blasts) Permite rodar programas de bioinformática online em : Sequências resultantes das consultas Sequências próprias Permite armazenar em projetos : Resultados das consultas Resultados das análises dos programas Permite trabalhar via WEB

bioinformática online em : Sequências resultantes das consultas Sequências próprias Permite armazenar em projetos :

6 Bancos de dados do SRS EMBL : Nucleotide Sequence Database Dividido em : Emblcontigs : repositório de sequências formadas a partir de montagens (contigs) de genomas completos e anotados Emblwgs : repositório de contigs gerados por shotgun, mas de projetos em andamento Embltpa : repositório de sequências, já existentes no banco, mas que foram modificadas ou re-anotadas Formas de consulta : Palavra chave Blasts

genomas completos e anotados Emblwgs : repositório de contigs gerados por shotgun, mas de projetos em

7 UNIPROT : Universal Protein Resource Dividido em : Swiss-Prot : Banco de dados de sequências de proteinas anotadas manualmente TrEMBL : Banco de dados de sequências de proteinas anotadas automaticamente Uniref100/90/50 : Bancos não redundantes, no qual as sequências são agrupadas pela identidade sendo : Uniref100 (100%), Uniref90 (90%) e Uniref50 (50%). Formas de consulta : Palavra chave Blasts

Banco de dados de sequências de proteinas anotadas automaticamente Uniref100/90/50 : Bancos não

8 KEGG : Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Dividido em : Pathway : vias metabólicas Compound, Glycan e Reaction : compostos e reações químicas Genes, SSDB e KO : Bancos de genes e proteínas ortólogas Formas de consulta : Palavra chave Blasts

e Reaction : compostos e reações químicas Genes, SSDB e KO : Bancos

9 PFAM : Protein Families database of alignments and HMMS (hidden Markov models) Dividido em : Pfam-A : alinhamentos múltiplos curados (alta qualidade) Pfam-B : alinhamentos múltiplos automáticos (baixa qualidade) Formas de consulta : Palavra chave Blasts

uk/software/pfam/ Dividido em : Pfam-A : alinhamentos múltiplos curados

10 Prosite : banco de dados de famílias de proteinas e domínios, possui padrões e perfis que ajudam a identificar regiões de domínios em sequências desconhecidas ( OMIM : banco de dados de genes humanos e mutações genéticas ( PDB : banco de dados de estruturas tridimensionais de proteínas (

org/prosite/) OMIM : banco de dados de genes humanos e mutações genéticas (http://www3.ncbi.

11 Arquivos de índices : arquivos responsáveis pela conexão entre os banco de dados. Exemplo : Pfam-A : entradas Id Ac Description Interpro Band_7 PF SPFH Domain Interpro : entradas IPR Ac Description... Uniprot IPR The band IPR The band 7... O61491 Uniprot : entradas EntryName Identifier Sequence Reference O26788 Y816- TREPA O61491 FM20A- Huma AAAATT TTTGGG......

972 entradas IPR001107 Ac Description... Uniprot IPR001107 The band 7...... 026788 IPR001107 The band 7.

12 Ferramentas de bioinfo Clustalw : Programa para alinhamento múltiplo de sequências de DNA ou proteínas ( Prositesearch : Programa que identifica padrões em sequências de proteínas. Utiliza o banco de dados prosite (ftp://ftp.seqnet.dl.ac.uk/pub/hilbers/prositesearch ) HMMER : pacote de programas que utilizam Hidden Markov Model para identificar regiões gênicas utilizando um banco de genes conhecidos e modelos estatísticos ( )

Utiliza o banco de dados prosite (ftp://ftp.seqnet.dl.ac.

13 EMBOSS : Pacote de programas desenvolvidos para biologia molecular Dividido em : Ferramentas de alinhamento Ferramentas de visualização Ferramentas de edição Ferramentas de informação Ferramentas de nucleotídeos Ferramentas de proteínas Ferramentas de filogenia

org/software/emboss/ Dividido em : Ferramentas de alinhamento Ferramentas

14 SRS Quick Searches Inicia um projeto Palavra chave Escolha do banco Busca por código de identificação Blast search

15 Query Builder Buscas mais específicas Palavra chave Tipo de informação desejada Refinando... Refinando mais... Se precisar escolher o campo da consulta

16 Analysis Tools Ferramentas agrupadas por categoria

17 Query Results Refina a consulta Resultado da consulta Relacionamento com os outros bancos de dados Ferramentas úteis

18 Query Blast Results

19 Conexões entre os diversos bancos de dados

20 Ferramentas online Ferramentas de alinhamento entre sequências que permitem realizar montagens, análises de SNPs e gráficos de análises de similaridades

21 Ferramentas úteis para edição de sequências

22 Ferramentas de geração e análise de ORFs Desenho de primers

25 Conectando ferramentas com as consultas

27 FIM

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