Manual - Instalação da Bridge

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1 ISSN Relatório Técnico INCoD/ TELEMED P Manual - Instalação da Bridge Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde Autores: Aldo Von Wangenheim Harley Wagner João Gabriel Nogueira Versão Final Status: Final Distribuição: Externa MAIO

2 STT SISTEMA CATARINENSE DE TELEMEDICINA E TELESSAÚDE MANUAL Instalação da Bridges

3 MANUAL BRIDGES Laboratório de Telemedicina LabIMed Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC Hospital Universita rio Prof. PolydoroErnani de São Thiago HU/UFSC Trindade - Fpolis - CEP: Tel: (48) COORDENADOR GERAL Aldo von Wangenheim GERENTE OPERACIONAL Harley Wagner REDAC A O Alexandre Marques João Gabriel Nogueira DESIGN GRA FICO Augusto Veiras João Gabriel Nogueira SUPORTE AO USUA RIO Veridiana da Costa Brandão Circulação: Estadual Distribuição: Gratuita Maio de 2013

4 Sumário 1 Introdução 1.1 Bridges 1.2 Bridge Telemedicina 2 Servidor 2.1 Sistema Operacional Instalação Interfaces de Redes Particionamento do Disco Recomendações Gerais Configuração da Rede Repositórios 2.2 SSH 2.3 PostgreSQL Instalação Noções Ba sicas Movendo o Diretório de Armazenamento das Bases do PostgreSQL Permissões de acesso ao banco 2.4 cycdcmserver Instalação 2.5 cycclient Instalação 3 Configurações Básicas 3.1 Diretórios de Telemedicina 3.2 Scripts para Telemedicina 3.3 Usua rio Telemedicina

5 3.4 Crontab 3.5 Script para DCMServer 3.6 Criar um banco DICOM 3.7 Configurar localae 3.8 Configurar remoteae 3.9 Criar processo cycclient para modalidade 3.10 Script para Envio 4 Manutenção 4.1 Espaço em Disco Bases SQL 4.2 Adicionar Workstation

6 1 Introdução Telemedicina A Telemedicina atua no estado de Santa Catarina oferecendo suporte no diagnóstico e laudo de exames realizados à distância. Usando tecnologia desenvolvida pelo grupo Cyclops do Centro Tecnológico (CTC) da UFSC, os médicos têm acesso imediato, através de uma conexão segura pela internet, aos exames realizados à distância, agilizando a emissão de um laudo e diminuindo a necessidade de deslocamento dos pacientes. Imagem 1 Página inicial do Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde. 6

7 1.1 Bridges DICOM DICOM é a sigla de Digital Imaging and Communications in Medicine, que significa, Imagens e Comunicação Digitais na Medicina. Trata-se de um conjunto de normas para a padronização das informações médicas que são digitalmente armazenadas. PACS PACS é um sistema que utiliza o formato digital DICOM para aquisição, exibição, armazenamento e disponibilização de imagens. Bridge Bridge, ou ponte, é o nome dado ao dispositivo usado para interligar duas ou mais redes distintas. Torna-se um segmento livre entre as redes, possibilitando senhas diferentes para cada usua rio 7

8 1.2 Bridge na Telemedicina TOMO TOMO TOMO SERVIDOR DICOM DICOM DATABASE DICOM DATA CLIENTE DICOM INTERNET SERVIDOR DICOM DICOM DATABASE PORTAL DE TELEMEDICINA 8

9 2 2.1 Servidor STT - Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde Para o uso da Bridge na Telemedicina é recomendada a instalação da versão testing do sistema operacional GNU/Linux Debian Sistema Operacional Instalação O download pode ser feito através deste link: Para facilitar a instalação do sistema, use o roteiro que há no fim deste manual como referência (clique aqui para vê-lo agora) Interfaces de Redes É recomendado que não se deixe nenhum cabo de rede plugado durante a instalação do sistema, para evitar que a ma quina realize atualizações no meio do processo. Quando a instalação solicitar a configuração da rede, escolha a opção para não fazê-lo no momento, como ilustrado no roteiro. 9

10 Particionamento do Disco É necessário configurar quatro partições para o funcionamento correto da Bridge. São elas: swap - memória virtual / - raiz do sistema operacional Linux /var - possui diversos arquivos de logs e diretórios importantes das principais aplicações do sistema /data - contera os arquivos DICOM da Telemedicina /database - contera o diretório do SGBD PostgreSQL. No roteiro de instalação, o procedimento é realizado num HD de 20 GB, o que não é um cenário prático. O particionamento não precisa seguir obrigatoriamente o que foi sugerido, contanto que se siga a lógica de manutenção da Telemedicina. è fortemente recomendado, entretanto, que se reserve por volta de 60% do espaço no disco rígido para a /database Recomendações Gerais A Bridge da Telemedicina não necessita de gerenciadores gra ficos. Então, como explicitado no roteiro, desmarque a opção de instalação do Desktop para tornar o procedimento muito mais ra pido. 10

11 2.1.2 Configurações de Rede Configure a rede no arquivo /etc/network/interfaces. A seguir, um modelo de configuração: cat /etc/network/interfaces # This file describes the network interfaces available on your system # and how to activate them. For more information, see interfaces(5). # The loopback network interface auto lo iface lo inet loopback # Interface eth1 onboard auto eth1 iface eth1 inet static address netmask gateway É necessa rio reiniciar o networking para validar a configuração, use o comando /etc/init.d/networking restart. 11

12 2.1.2 Repositórios O Debian possui um gerenciador de pacotes, chamado dpkg, que facilita a instalação de softwares no sistema operacional. Para este funcionar de forma correta e ra pida, é necessa rio configurar o repositório de downloads para o servidor mais próximo, conhecidos como mirror. Para baixar os pacotes é utilizado o apt-get. São ambos acionados por comandos no terminal do Linux, e o apt-get é dependente dos repositórios listados em /etc/apt/ source.list. Para ler arquivos de texto no Linux é usado o comando cat. O repositório da versão Debian 6.06 provavelmente estara assim: cat /etc/apt/sources.list #deb cdrom:[debian GNU/Linux testing _Wheezy_ - Official Snapshot amd64 CD Binary :51]/ wheezy main #deb cdrom:[debian GNU/Linux testing _Wheezy_ - Official Snapshot amd64 CD Binary :51]/ wheezy main # Line commented out by installer because it failed to verify: #deb wheezy/updates main # Line commented out by installer because it failed to verify: #deb-src wheezy/updates main Para conseguir usar o apt-get é necessário modificar o source.list. Utilize o Nano para isso, com o comando nano /etc/apt/ sources.list. 12

13 Após editar o source.list para apenas dois repositórios na Bridge, ele ficará assim: cat /etc/apt/sources.list deb wheezy/updates main deb ftp://ftp.pucpr.br/debian/ testing main O segundo repositório pode ser escolhido na lista abaixo: deb testing main deb ftp://ftp.pucpr.br/debian/ testing main deb testing main deb ftp://ftp.br.debian.org/ testing main No site do Debian é possível ver todos os repositórios disponíveis: Depois de configurar os repositórios, é necessário fazer a atualização das informações deles com o comando apt-get update. Veja abaixo um exemplo de como foi feito na Bridge. apt-get update Atingido wheezy/updates InRelease Atingido wheezy/updates/main amd64 Packages Obter:1 ftp://ftp.pucpr.br testing InRelease [208 kb] Atingido ftp://ftp.pucpr.br testing/main amd64 Packages/DiffIndex Atingido ftp://ftp.pucpr.br testing/main Translation-pt_BR/DiffIndex Atingido ftp://ftp.pucpr.br testing/main Translation-pt/DiffIndex Atingido ftp://ftp.pucpr.br testing/main Translation-en/DiffIndex Ign wheezy/updates/main Translation-pt_BR Ign wheezy/updates/main Translation-pt Ign wheezy/updates/main Translation-en Baixados 208 kb em 7s (28,3 kb/s) Lendo listas de pacotes... Pronto 13

14 2.2 Depois de configurado o repositório, o primeiro pacote a ser instalado sera o Secure Shell (SSH). É com este programa que sera feito o acesso remoto ao terminal da Bridge e, por isso, ele é de grande importância. Uma vez devidamente instalado, o SSH não precisara ter sempre disponível o teclado e o mouse, precisando apenas estar ligado à energia elétrica e a um cabo de rede. Para começar, utilize o comando apt-get install ssh. A figura abaixo mostra um exemplo do procedimento. apt-get install ssh Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto Os pacotes extra a seguir serão instalados: openssh-server Pacotes sugeridos: ssh-askpass rssh molly-guard ufw monkeysphere Os NOVOS pacotes a seguir serão instalados: openssh-server ssh 0 pacotes atualizados, 2 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 4 não atualizados. É preciso baixar 340 kb de arquivos. Depois desta operação, 755 kb adicionais de espaço em disco serão usados. Secure Shell (SSH) Você quer continuar [S/n]? S Acesse outro computador da rede para testar o SSH. Se o sistema operacional for Linux basta usar o comando ssh IP_DA_BRIDGE. Para computadores que usam o Windows é necessa rio instalar um SSH Client, como o Putty, por exemplo. 14

15 2.3 PostgreSQL Instalação O comando para se instalar o PostgreSQL é o apt-get install postgresql-9.1. O sistema vai exibir a seguinte tela: apt-get install postgresql-9.1 Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto Os pacotes extra a seguir serão instalados: libpq5 libxml2 postgresql-client-9.1 postgresql-client-common postgresql-common sgml-base ssl-cert xml-core Pacotes sugeridos: oidentd ident-server locales-all postgresql-doc-9.1 sgml-base-doc openssl-blacklist debhelper Os NOVOS pacotes a seguir serão instalados: libpq5 libxml2 postgresql-9.1 postgresql-client-9.1 postgresql-clientcommon postgresql-common sgml-base ssl-cert xml-core 0 pacotes atualizados, 9 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 4 não atualizados. É preciso baixar kb de arquivos. Depois desta operação, 25,2 MB adicionais de espaço em disco serão usados. Você quer continuar [S/n]?S 15

16 2.3.2 Instalação Os comandos ba sicos para o uso do PostgreSQL são os seguintes: para verificar se o serviço está disponível /etc/init.d/ postgresql status para parar o serviço /etc/init.d/ postgresql stop para iniciar o serviço /etc/init.d/ postgresql start para reiniciar o serviço /etc/init.d/ postgresql restart 16

17 2.3.3 STT - Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde Movendo o direrório de armazenamento das bases do PostgreSQL A base do PostgreSQL, por padrão, fica no diretório /var. Mas, como na Bridge da Telemedicina esse diretório tem um espaço reduzido, sera necessa rio mover o armazenamento do programam para o diretório /database, a partição com maior espaço diponível. Para fazer isso, comece com o comando /etc/init.d/ postgresql stop, para parar o banco. Agora, pode-se mover o diretório com o comando bridgetelemedicina:/# mv /var/lib/postgresql/ /database/. O procedimento, no entanto, ainda não esta encerrado. Ainda é necessário criar um link simbólico, algo como um atalho. O comando é ln -s /database/postgresql/ /var/lib/postgresql. Por fim, é necessário iniciar o banco novamente, usando o comando /etc/ init.d/postgresql start. 17

18 Para verificar se o procedimento deu certo, visualize o diretório var/var/lib, através do comando ls -l /var/ lib. Na lista aparecera o atalho para /database/postgresql, o novo diretório de armazenamento do banco. ls -l /var/lib/ total 100 drwxr-xr-x 5 root root 4096 Out 28 18:06 apt drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:30 aptitude drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 28 17:00 dhcp drwxr-xr-x 3 root root 4096 Out 27 10:31 dictionaries-common drwxr-xr-x 7 root root 4096 Out 28 18:06 dpkg drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:34 exim4 drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:29 initramfs-tools drwxr-xr-x 2 root root 4096 Ago 31 19:11 initscripts drwxr-xr-x 2 root root 4096 Ago 31 19:11 insserv drwxrwsr-x 2 libuuid libuuid 4096 Out 27 10:28 libuuid drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 28 06:25 logrotate drwxr-xr-x 2 root root 4096 Jun 17 09:17 misc drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 28 06:25 mlocate drwxr-xr-x 5 statd nogroup 4096 Out 27 10:33 nfs drwxr-xr-x 2 root root 4096 Set 17 19:09 os-prober drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:28 pam lrwxrwxrwx 1 root root 21 Out 28 18:20 postgresql -> /database/ postgresql/ drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:31 pycentral lrwxrwxrwx 1 root root 18 Out 27 10:32 python-support -> /usr/ lib/pymodules drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 28 18:06 sgml-base drwxr-xr-x 3 root root 4096 Out 27 10:31 tex-common drwxr-xr-x 3 root root 4096 Out 27 10:32 ucf drwxr-xr-x 2 root root 4096 Jul 5 18:38 update-rc.d drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:33 urandom drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 27 10:29 usbutils drwxr-xr-x 3 root root 4096 Out 27 10:28 vim drwxr-xr-x 2 root root 4096 Out 28 18:06 xml-core 18

19 2.3.4 Permissões de Acesso ao Banco Para configurar as permissões de acesso ao PostgreSQL, utilize o Nano. Com ele, deve ser editado o arquivo pg_hba.conf, usando o comando nano /etc/postgresql/9.1/main/pg_hba.conf. Com o Nano aberto, utilize a tecla page down para ver o fim do documento, que tera as seguintes informações: # DO NOT DISABLE! # If you change this first entry you will need to make sure that the # database superuser can access the database using some other method. # Noninteractive access to all databases is required during automatic # maintenance (custom daily cronjobs, replication, and similar tasks). # # Database administrative login by Unix domain socket local all postgres peer # TYPE DATABASE USER ADDRESS METHOD # local is for Unix domain socket connections only local all all peer # IPv4 local connections: host all all /32 md5 # IPv6 local connections: host all all ::1/128 md5 # Allow replication connections from localhost, by a user with the # replication privilege. #local replication postgres peer #host replication postgres /32 md5 #host replication postgres ::1/128 md5 19

20 Sera necessa rio alterar duas linhas conforme a seguir: # DO NOT DISABLE! # If you change this first entry you will need to make sure that the # database superuser can access the database using some other method. # Noninteractive access to all databases is required during automatic # maintenance (custom daily cronjobs, replication, and similar tasks). # # Database administrative login by Unix domain socket local all postgres trust # TYPE DATABASE USER ADDRESS METHOD # local is for Unix domain socket connections only local all all peer # IPv4 local connections: host all all /32 trust # IPv6 local connections: host all all ::1/128 md5 # Allow replication connections from localhost, by a user with the # replication privilege. #local replication postgres peer #host replication postgres /32 md5 #host replication postgres ::1/128 md5 Por último é necessário reiniciar o banco, use o comando /etc/init.d/ postgresql restart 20

21 2.4 A instalação do servidor DICOM pode ser realizada de diversas maneiras. Aqui utilizaremos o pacote debian dcmserver_0.4.1_amd64.deb. Para o pacote Debian: Selecting previously unselected package dcmserver. (Lendo banco de dados ficheiros e directórios actualmente instalados.) Desempacotando dcmserver (de dcmserver_0.4.1_amd64.deb)... dpkg: dependency problems prevent configuration of dcmserver: dcmserver depende de libboost-filesystem-dev; porém: Pacote libboost-filesystem-dev não está instalado. dcmserver depende de libboost-program-options-dev; porém: Pacote libboost-program-options-dev não está instalado. dcmserver depende de libboost-system-dev; porém: Pacote libboost-system-dev não está instalado. dcmserver depende de libboost-thread-dev; porém: Pacote libboost-thread-dev não está instalado. dcmserver depende de libpng12-0; porém: Pacote libpng12-0 não está instalado. dcmserver depende de libxml ; porém: Pacote libxml nã o está instalado. dpkg: error processing dcmserver (--install): problemas de dependência - deixando desconfigurado Erros foram encontrados durante o processamento de: dcmserver cycdcmserver Instalação 21

22 Para instalar as dependências: apt-get install -f Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto Corrigindo dependências... Pronto Os pacotes extra a seguir serão instalados: binutils cpp-4.4 g gcc-4.4 gcc-4.4-base libboost-datetime1.49-dev libboost-date-time libboost-filesystem-dev libboostfilesystem1.49-dev libboost-filesystem libboost-program-options-dev libboost-program-options1.49-dev libboost-program-options libboost-serialization1.49-dev libboostserialization libboost-system-dev libboost-system1.49-dev libboost-system libboost-thread-dev libboost-thread1.49-dev libboost-thread libboost1.49-dev libc-dev-bin libc6-dev libffi5 libglib2.0-0 libglib2.0-data libglibmm-2.4-1c2a libgmp10 libgomp1 libicu48 libmpfr4 libpng12-0 libstdc dev libxml linuxlibc-dev manpages-dev shared-mime-info Pacotes sugeridos: binutils-doc gcc-4.4-locales g multilib gcc-4.4-doc libstdc dbg gcc-4.4-multilib libmudflap0-4.4-dev libgcc1-dbg libgomp1-dbg libmudflap0-dbg libcloog-ppl0 libppl-c2 libppl7 libboost1.49-doc libboost-chrono1.49-dev libboost-graph-parallel1.49-dev libboostgraph1.49-dev libboost-iostreams1.49-dev libboost-locale1.49-dev libboost-math1.49-dev libboost-mpi1.49-dev libboost-python1.49-dev libboost-random1.49-dev libboost-regex1.49-dev libboost-signals1.49- dev libboost-test1.49-dev libboost-timer1.49-dev libboost-wave1.49-dev xsltproc doxygen docbook-xml docbook-xsl default-jdk fop glibc-doc libstdc doc Pacotes recomendados: gcc c-compiler Os NOVOS pacotes a seguir serão instalados: binutils cpp-4.4 g gcc-4.4 gcc-4.4-base libboost-datetime1.49-dev libboost-date-time libboost-filesystem-dev libboostfilesystem1.49-dev libboost-filesystem libboost-program-options-dev libboost-program-options1.49-dev 22

23 libboost-program-options libboost-serialization1.49-dev libboost-serialization libboost-system-dev libboost-system1.49-dev libboost-system libboost-thread-dev libboost-thread1.49-dev libboost-thread libboost1.49-dev libc-dev-bin libc6-dev libffi5 libglib2.0-0 libglib2.0-data libglibmm-2.4-1c2a libgmp10 libgomp1 libicu48 libmpfr4 libpng12-0 libstdc dev libxml linuxlibc-dev manpages-dev shared-mime-info 0 pacotes atualizados, 38 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 23 não atualizados. 1 pacotes não totalmente instalados ou removidos. É preciso baixar 44,9 MB de arquivos. Depois desta operação, 208 MB adicionais de espaço em disco serão usados. Você quer continuar [S/n]?S Obter:1 ftp://ftp.pucpr.br/debian/ testing/main libicu48 amd [4.737 kb] Obter:38 ftp://ftp.pucpr.br/debian/ testing/main shared-mime-info amd b1 [595 kb] Baixados 44,9 MB em 1min 50s (405 kb/s) Extraindo templates de pacotes : 100% Selecting previously unselected package libicu48:amd64. (Lendo banco de dados ficheiros e directórios actualmente instalados.) Desempacotando libicu48:amd64 (de.../libicu48_ _amd64.deb) Selecting previously unselected package shared-mime-info. Desempacotando shared-mime-info (de.../shared-mime-info_1.0-1+b1_amd64. deb)... Processando gatilhos para man-db... Configurando libicu48:amd64 ( ) Configurando dcmserver (0.4.1)... 23

24 2.5 cycclient Instalação Instalando o pacote Debian: dpkg -i cycclient_0.4.1_amd64.deb Selecting previously unselected package cycclient. (Lendo banco de dados ficheiros e directórios actualmente instalados.) Desempacotando cycclient (de cycclient_0.4.1_amd64.deb)... Substituindo arquivos no pacote antigo dcmserver... dpkg: dependency problems prevent configuration of cycclient: cycclient depende de libxerces-c28; porém: Pacote libxerces-c28 não está instalado. dpkg: error processing cycclient (--install): problemas de dependência - deixando desconfigurado Erros foram encontrados durante o processamento de: cycclient 24

25 Instalando as dependências: apt-get install -f Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto Corrigindo dependências... Pronto Os pacotes extra a seguir serão instalados: libxerces-c28 Os NOVOS pacotes a seguir serão instalados: libxerces-c28 0 pacotes atualizados, 1 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 23 não atualizados. 1 pacotes não totalmente instalados ou removidos. Ã preciso baixar kb de arquivos. Depois desta operaçãoo, kb adicionais de espaço em disco serão usados. Você quer continuar [S/n]? S Obter:1 ftp://ftp.pucpr.br/debian/ testing/main libxerces-c28 amd deb1-3 [1.357 kb] Baixados kb em 5s (236 kb/s) Selecting previously unselected package libxerces-c28. (Lendo banco de dados ficheiros e directórios actualmente instalados.) Desempacotando libxerces-c28 (de.../libxerces-c28_2.8.0+deb1-3_amd64. deb)... Configurando libxerces-c28 (2.8.0+deb1-3)... Configurando cycclient (0.4.1)... Testando a instalação: dicom / etc/telemedicina/parameters.xml./cycclient: error while loading shared libraries: libxerces-c-3.1.so: cannot open shared object file: No such file or directory 25

26 Procurando dependências solicitadas: apt-cache search libxerces libxerces2-java - Validating XML parser for Java with DOM level 3 support libxerces2-java-doc - Validating XML parser for Java -- Documentation and examples libxerces2-java-gcj - Validating XML parser for Java with DOM level 3 support (native code) libxerces-c-dev - validating XML parser library for C++ (development files) libxerces-c-doc - validating XML parser library for C++ (documentation) libxerces-c-samples - validating XML parser library for C++ (compiled samples) libxerces-c3.1 - validating XML parser library for C++ libxerces-c2-dev - validating XML parser library for C++ (development files) libxerces-c2-doc - validating XML parser library for C++ (documentation) libxerces-c28 - validating XML parser library for C++ 26

27 Instalando dependências solicitadas: apt-get install libxerces-c3.1 Lendo listas de pacotes... Pronto Construindo árvore de dependências Lendo informação de estado... Pronto Os NOVOS pacotes a seguir serão instalados: libxerces-c3.1 0 pacotes atualizados, 1 pacotes novos instalados, 0 a serem removidos e 23 não atualizados. Ã preciso baixar kb de arquivos. Depois desta operação, kb adicionais de espaço em disco serão usados. Obter:1 ftp://ftp.pucpr.br/debian/ testing/main libxerces-c3.1 amd [1.139 kb] Baixados kb em 5s (223 kb/s) Selecting previously unselected package libxerces-c3.1:amd64. (Lendo banco de dados ficheiros e directã³rios actualmente instalados.) Desempacotando libxerces-c3.1:amd64 (de.../libxerces-c3.1_ _ amd64.deb)... Configurando libxerces-c3.1:amd64 ( )... Testando a instalação: dicom / etc/telemedicina/parameters.xml NOTE -- [4/10/ :5:21] StartUp(0): Client is up. NOTE -- [4/10/ :5:21]LoadInitialConfig(0): Initial config is loaded. ERROR -- [4/10/ :5:21] FileSystem(0): Directore(s). enviarunica failed success invalid doesn t exists. 27

28 3 Configurações Básicas Agora, com o serviço da Bridge ja instalado e devidamente configurado, é possível preparar o sistema para atender as necessidades da Telemedicina. Neste manual será realizada a configuração de um serviço de tomografia, como exemplo. Este procedimento se aplica a qualquer outra modalidade DICOM que seja atendida pela Telemedicina. 3.1 Diretórios de Telemedicina Crie os seguintes diretórios: # mkdir -p /usr/local/telemedicina/client/parameters # mkdir -p /usr/local/telemedicina/scripts/ # mkdir -p /usr/local/telemedicina/server/etc/ # mkdir -p /data/base/ Crie um link simbólico (atalho) para base: # ln -s /data/base /usr/local/telemedicina/ 28

29 3.2 Scrips para Telemedicina Baixe os scripts de telemedicina: # cd /tmp/ # wget... Para descomprimir os arquivos: # tar xzvf... # cp /tmp/scripts/* /usr/local/telemedicina/scripts/ 3.3 Usuário Telemedicina O Usuário Telemedicina deve ter acesso aos arquivos referentes à Telemedicina. # chown -R telemedicina:telemedicina /usr/local/telemedicina/ # chmod -R 770 /usr/local/telemedicina/ Depois dessa etapa, procure estar sempre como Usuário Telemedicina. Só utilize o root quando necessa rio. 29

30 3.4 Crontab O cron é uma ferramenta que permite programar a execução de comandos e processos de maneira repetitiva. Comandos úteis: crontab -e crontab -l crontab -r Para o Usuário Telemedicina: $ crontab -e Caso seja solicitado um editor, escolha o Nano. 3.5 Script para dcmserver O script ifupserver tem a função de iniciar o servidor DI- COM (dcmserver), ele fica agendado na cron para que execute a cada minuto. Caso tenha um processo dcmserver em execução, o script encerra, se não, é iniciado o dcmserver. Certifique-se que o script está em $ /usr/local/telemedicina/scripts/ifupserver e adicione a seguinte linha: */1 * * * * /usr/local/telemedicina/ scripts/ifupserver. 30

31 3.6 STT - Sistema Catarinense de Telemedicina e Telessaúde Criar um banco DICOM O script createdicom.sql ira auxiliar na criação de um banco de dados. Utilize um editor de texto, como o Nano ou o Vi. nano /usr/local/telemedicina/scripts/createsql/cratedicom.sql As linhas abaixo devem ser editadas, substituindo-se as bases. No exemplo, como dito anteriormente, sera adicionada a base Tomo. CREATE DATABASE tomo WITH TEMPLATE = template0 ENCODING = SQL_ASCII ; ALTER DATABASE tomo OWNER TO postgres; \connect tomo Crie o banco $ psql -U postgres -f /usr/local/ telemedicina/scripts/createsql/createdicom.sql. 31

32 3.7 Configurar localae O localae é um arquivo de configuração que possui os serviços atendidos pelo dcmserver, com ele é possível configurar o PACS numa institituição. Os DICOMs recebidos do tomógrafo ficarão armazenados no banco de dados criado anteriormente, por isso é preciso configurá-lo. Edite o arquivo: $ nano /usr/local/telemedicina/server/etc/localae.conf Adicione o serviço de Tomografia no localae: portal = HU ;}, { AETitle = server_tomo ; label = server_tomo ; host = xxx.xxx.xxx.xxx ; typedatabase = postgres ; port = 5432; databasename = tomo ; databasehostname = localhost ; username = postgres ; password = phigres* ; preftransferencoder = ; prefstoreencoder = ; portal = HU ;}, 32

33 3.8 Configurar remoteae { AETitle = VXF ; label = VXF ; host = xxx.xxx.xxx.xxx ; address = xxx.xxx.xxx.xxx ; port = 104; savedicominfile = true; pathtostore = /usr/local/telemedicina/base/tomo/files/ ; ignoresending = false; tagforwindowing = protocolname ; convert2j2k = false; sendtoportal = false; savedicomdb = true; InstitutionID = 2 ; dimpconf = false; dimp_lite = false; dimp_lite_path = /mnt/pvfs2 ;} 33

34 3.9 Criar Processo cycclient para Modalidade O cycclient deve ser copiado para cada modalidade que a bridge atender, para ser um processo exclusivo dela. Copie o seguinte processo: # cp /usr/local/telemedicina/bin/cycclient /usr/local/telemedicina/ client/cycclienttomo # cp /etc/telemedicina/parameters.xml /usr/local/telemedicina/client/ parameters/parameterstomo.xml Observe abaixo os campos que precisam ser alterados no arquivo de parameterstomo.xml: *O remoteae deste arquivo sera fornecido pela telemedicina, pois neste caso é o remoteae do servidor que o cycclient enviara os arquivos DICOM. <parameters> <operationmode>directory</operationmode> <databasemode databasetype= postgres port= 5432 databasename= tomo databasehostname= localhost username= postgres password= phigres* examstorelimit= 10 /> <dirmode rootdir= /usr/local/telemedicina/base/tomo/ watcheddir= files faileddir= failed sucessdir= done invaliddir= invalid /> 34

35 <AETitles localae= tomo requesttime= 100 rejecttime= 100 releasetime= 50 > <remoteae AETitle= server_tomo_unidade address= port= 4007 /> </AETitles> </parameters># cp /usr/local/telemedicina/bin/cycclient /usr/local/ telemedicina/client/cycclienttomo # cp /etc/telemedicina/parameters.xml /usr/local/telemedicina/client/ parameters/parameterstomo.xml Crie a estrutura de diretórios: # mkdir -p /usr/local/telemedicina/base/tomo/files # mkdir -p /usr/local/telemedicina/base/tomo/failed # mkdir -p /usr/local/telemedicina/base/tomo/success # mkdir -p /usr/local/telemedicina/base/tomo/invalid Teste o cycclient para a nova modalidade: # /usr/local/telemedicina/client/cycclienttomo dicom /usr/local/ telemedicina/client/parameters/cycclienttomo.xml NOTE -- [4/10/ :5:21] StartUp(0): Client is up. NOTE -- [4/10/ :5:21]LoadInitialConfig(0): Initial config is loaded. NOTE -- [4/10/ :5:21] StartUp(0): Client is down. 35

36 3.10 Script para Envio Adicione o script copiatomo na crontab. Este script executa o cycclient a cada cinco minutos para enviar as imagens do tomógrafo para a telemedicina. $ crontab -e */5 * * * * /usr/local/telemedicina/scripts/copiatomo 36

37 4 4.1 Manutenção Espaço em Disco Bases SQL No caso da base SQL ocupar todo o espaço de sua partição, o postgresql não aceitara mais requisições de armazenamento, consequentemente, o dcmserver não poderá atender às requisições do PACS. Por isso, é necessa rio que periodicamente se verifique o tamanho da partição e das bases. Utilize o comando $ df -h para isso. Veja abaixo um exemplo: Sist. Arq. Size Used Avail Use% Montado em /dev/sda2 19G 4,9G 13G 28% / /dev/sda6 207G 89G 108G 45% /data /dev/sdb1 688G 557G 97G 86% /database /dev/sda5 2,8G 491M 2,2G 19% /var Observe que a partição /database, no exemplo, ja tem 86% do seu espaço ocupado, com 97gb de espaço livre. Este seria um bom momento para realizar a manutenção das bases SQL. Para isso, utilize o script extraidabasebridge que ira auxiliar no processo de extrair os DICOM da base com maior tamanho para o diretório /data/restore/base/ período. Para identificar a base de maior tamanho: $ psql -U postgres -c select pg_database.datname, pg_size_pretty(pg_ database_size(pg_database.datname)) AS size FROM pg_database; datname size template kb template kb postgres 5510 kb cr 249 GB tomo 271 GB 37

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