Ferramentas de Auxílio à Escrita Científica. Sandra Maria Aluísio

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1 Ferramentas de Auxílio à Escrita Científica Sandra Maria Aluísio

2 Agenda Problemas da escrita científica por não-nativos do inglês, e por nativos escrevendo em português Referencial Teórico utilizado para minimizar os problemas Abordagens de IA (Inteligência Artificial) utilizadas por ferramentas desenvolvidas no NILC: RBC (Raciocínio Baseado em Casos) e Sistemas de crítica Gargalo para a construção destas ferramentas baseadas em córpus: Necessidade de córpus anotados em nível retórico Soluções via aprendizado automático da tarefa de anotação (SCIPO, AZEA) Trabalhos em andamento no NILC 2

3 Fatos Pesquisadores e acadêmicos devem escrever em inglês a lingua franca da Ciência. A escrita de artigos científicos representa uma barreira considerável para os autores que não possuem o inglês como língua materna. Escrita de artigos completos e até resumos de dissertações e teses 3

4 Alguns Problemas Para escrever artigos científicos em inglês pode não ser suficiente: Ser fluente em inglês, mas em outro gênero de textos existem fortes convenções lingüísticas em cada seção de um artigo Existem idiossincrasias em cada comunidade de pesquisa Ditam algumas variações na estrutura e na seleção de conteúdo de artigos Por exemplo, ditam os componentes essenciais de um resumo Ciências Biológicas focam em Propósito, Resultados e Conclusões 4 Computação focam em Propósito, Metodologia e Resultados

5 Pesquisas em Análise de Gênero Científico Várias pesquisas mostram que o estudo da organização retórica ou estrutura de textos é útil no ensino de leitura e escrita científica de nãonativos do inglês As dificuldades no nível sentencial podem ser derivadas da falta de conhecimento ou de experiência no nível do discurso J. M. Swales, Genre Analysis: English In Academic And Research Settings. Cambridge, U.K.: Cambridge Univ. Press, R. Weissberg; S. Buker. Writing up Research: Experimental Research Report Writing for Students of English.: Prentice Hall,

6 Definição de gênero Swales (1990:58): Um gênero compreende uma classe de eventos comunicativos, cujos membros compartilham o mesmo conjunto de propósitos comunicativos Esses propósitos são reconhecidos pelos experts da comunidade discursiva (leitores e escritores) e isso, simplesmente isso fundamenta um gênero. As amostras de um gênero exibem vários padrões de similaridade em termos de estrutura, estilo, conteúdo e público alvo. 6

7 O artigo científico pode ser visto como o produto de uma comunidade transnacional cuja forma e função é reconhecida em todo mundo. Assim, ele é um gênero universal e é perpetuado pelos participantes da comunidade, que acreditam que a forma padrão é adequada para reportar uma pesquisa para seus pares. (Swales, 1990: 65) 7

8 Estrutura retórica de um artigo científico típico I -fornecera razão fundamental para o artigo, partindo de discussões gerais sobre o tópico para a questão particular de pesquisa; atrair interesse para o tópico e, assim, leitores Geral R descrever os resultados que são geralmente acompanhados de comentários Resumo Introdução (I) Materiais e Métodos (M) Resultados (R) Discussão Conclusões (D) M descrever a metodologia, materiais, procedimentos D apresentar o que foi aprendido com o estudo; retomar afirmações feitas na introdução Específico Diferentes propósitos -> Diferentes características lingüísticas 8

9 Freqüência das características nas Seções Introdução Metodologia Resultados Discussão T. Presente Alta Baixa Baixa Alta T. Passado Média Alta Alta Média Voz passiva Baixa Alta Variável Variável Referências Alta Baixa Variável Alta Comentários Alta Baixa Variável Alta 9

10 Avaliação da consciência dos gêneros de pesquisa científica (Swales, 1990) Dado um abstract com as sentenças embaralhadas. Pede-se: Forneçam a ordem correta das sentenças. 10

11 Abstract 29 do SciPo-Farmácia To determine the effect of pulse-feeding, three additional fermentations were carried out with limiting-carbon added in 90-second pulses, during repeated five-minute cycles. 1 As a result, more carbon was added to pulse-fed fermentations that led to increased enzyme productivity by as much as 75%. 2 Pulsed addition of limiting-carbon during Aspergillus oryzae fermentation leads to improved productivity of a recombinant enzyme 3 The objective in this study was to determine if a simple, fed-batch, process strategy - pulsed addition of limiting-carbon source - could be used to reduce fungal broth viscosity, and increase productivity of an industrially relevant recombinant enzyme (glucoamylase). 4 11

12 Fungal morphology in many filamentous fungal fermentations leads to high broth viscosity which limits oxygen mass transfer, and often results in reduced productivity. 5 This finding has significant implications for the bioprocessing industry, as a simple process modification which is likely to cost very little to implement in most production facilities, has the potential to substantially increase productivity. 6 Pulse-fed fermentations were found to have smaller fungal mycelia, lower broth viscosity, and improved oxygen mass transfer. 7 As a control, three Aspergillus oryzae fed-batch fermentations were carried out with continuous addition of limiting-carbon. 8 In both cases, overall carbon feed-rate was used to control dissolved oxygen concentration, such that increased oxygen availability led to increased addition of limiting-carbon. 9 12

13 Seqüência correta Título Contexto Propósito Conclusão Metodologia Resultados Como uma das abordagens para escrever um abstract é apresentar um resumo das partes de um artigo utilizamos as características lingüísticas para reconhecer suas partes! Como as expressões formulaicas comuns a cada parte 13

14 Pulsed addition of limiting-carbon during Aspergillus oryzae fermentation leads to improved productivity of a recombinant enzyme 3 Fungal morphology in many filamentous fungal fermentations leads to high broth viscosity which limits oxygen mass transfer, and often results in reduced productivity. 5 The objective in this study was to determine if a simple, fed-batch, process strategy - pulsed addition of limiting-carbon source - could be used to reduce fungal broth viscosity, and increase productivity of an industrially relevant recombinant enzyme (glucoamylase). 4 As a control, three Aspergillus oryzae fed-batch fermentations were carried out with continuous addition of limiting-carbon. 8 To determine the effect of pulse-feeding, three additional fermentations were carried out with limiting-carbon added in 90-second pulses, during repeated five-minute cycles. 1 14

15 In both cases, overall carbon feed-rate was used to control dissolved oxygen concentration, such that increased oxygen availability led to increased addition of limiting-carbon. 9 Pulse-fed fermentations were found to have smaller fungal mycelia, lower broth viscosity, and improved oxygen mass transfer. 7 As a result, more carbon was added to pulse-fed fermentations that led to increased enzyme productivity by as much as 75%. 2 This finding has significant implications for the bioprocessing industry, as a simple process modification which is likely to cost very little to implement in most production facilities, has the potential to substantially increase productivity. 6 15

16 Sistemas de auxílio à escrita para nãonativos do inglês Amadeus (Fontana et al., 1993; Aluisio & Oliveira Jr, 1995; Aluisio et al., 2001) BEAR (Narita et al., 2003) MOVER (Anthony & Lashkia, 2003) 16

17 M. NARITA, K. KUROKAWA, AND T. UTSURO. Case Study on the Development of a Computer-Based Support Tool for Assisting Japanese Software Engineers With Their English Writing Needs. IEEE TRANSACTIONS ON PROFESSIONAL COMMUNICATION, VOL. 46, NO. 3, SEPTEMBER 2003 L. Anthony,AND G. V. Lashkia. Mover: A Machine Learning Tool to Assist in the Reading and Writing of Technical Papers. IEEE TRANSACTIONS ON PROFESSIONAL COMMUNICATION, VOL. 46, NO. 3, SEPTEMBER 2003 Fontana, N.; (Caldeira), Aluísio, S.M.; De Oliveira, M.C.F. and Oliveira Jr., O.N. Computer Assisted Writing Aplications to English as a Foreign Language. CALL, Volume 6 (2), pp , S. M. Aluísio; O.N. Oliveira Jr A Case-Based Approach for Developing Writing Tools Aimed at Non-native English Users. In Case-Based Reasoning Research and Development, Proceedings of the 1st International Conference on Case- Based Reasoning (ICCBR-95). Lecture Notes in Computer Science 1010, p S. M. Aluísio; I. Barcelos; J. Sampaio; O. N. Oliveira Jr How to Learn the Many Unwritten Rules of the Game of the Academic Discourse: A Hybrid Approach Based on Critiques and Cases to Support Scientific Writing. IEEE International Conference on Advanced Learning Technologies. Madison, Wisconsin. Los Alamitos, CA: IEEE Computer Society, 1, p

18 Ferramentas do AMADEUS O AMADEUS é um ambiente de auxílio e ensino de escrita científica em inglês por não-nativos, ferramentas inter-relacionadas baseadas em corpus para capturar as particularidades de uma comunidade (área de pesquisa) e para fornecer material lingüístico para ser reusado por pesquisadores iniciantes. Ferramenta de Referência, Ferramenta de Suporte, Ferramenta de Crítica e Ferramenta Tutorial ajudam a escrever o primeiro rascunho do texto (top-down) cada uma se aplica especificamente a um conjunto de problemas caracterizado por diferentes níveis de dificuldade no inglês e diferentes graus de experiência na escrita científica 18

19 O sistema BEAR (Building English Abstracts by Ricoh) Também baseado em corpus, foi implementado como um sistema Web e é composto por bases de exemplos de abstracts traduzidos (corpus paralelo inglês-japonês) que podem ser reutilizados em vários níveis (estrutural, sentencial e lexical) e por facilidades para a recuperação desses exemplos. Conta também com bases de dados voltadas para problemas com o uso da língua inglesa, Common Errors Patterns e Verb Complementation Patterns. 19

20 MOVER O Mover é uma ferramenta que se propõe a auxiliar a leitura e a escrita de textos científicos apresentando ao usuário a estrutura retórica do texto já escrito (botton-up), tomando por base o modelo CARS de Swales (1990). Identificação automática dos elementos do modelo estrutural, feita por um classificador estatístico que aprende a tarefa a partir de córpus Esse classificador determina, para cada sentença do texto, a categoria à qual a sentença pertence. Dessa forma, a saída do sistema é o texto de entrada com as sentenças etiquetadas de acordo com o modelo estrutural em uso. Entretanto, nenhum feedback sobre a estrutura identificada é fornecido. 20

21 Uma solução para dar suporte à Escrita do Primeiro Rascunho (AMADEUS) 1. Selecionar de um conjunto de artigos bem escritos de uma área de pesquisa 2. Utilizar estruturas esquemáticas para cada seção dos artigos 3. Indexar (anotar) cada oração pelos componentes da estrutura textual 4. Reusar as expressões formulaicas que aparecem em cada componente para praticar as convenções lingüísticas e de estilo 5. Colocar os 4 itens acima em uma ferramenta computacional 21

22 Estrutura esquemática de uma Introdução 1. Contexto 2. Revisão da Literatura 3. Lacuna(s) 4. Propósito 5. Metodologia 6. Principais Resultados 7. Valor do Trabalho (teses & dissertações) 8. Estrutura do Artigo (artigos longos) 22

23 Expressões padrões para cada parte da estrutura de uma Introdução a) Importance of the field, general interests, etc. There has been substantial interest in the fabrication of... Contexto b) Previous reports on related work. Several papers have reported measurements aimed at obtaining evidence for, and insight into,... processes in... Revisão da Literatura c) What is lacking in the field. Although significant advances have been made in the understanding of how... (something) influences... (another), very little further attention appears to have been given to the... d) What the present work does. The purpose of the work reported here was to study the influence of... on the... Lacuna(s) Propósito f) Layout or Outline of the paper The organisation (outline) of the (this) paper is as follows. In Section II we describe... The... is presented in section III. In Sec. II we solve the... equation giving expressions for... This is necessary for the work of Sec. III, in which the extended... equation is derived. Numerical results of the theory are given in Sec. IV, together with a comparison with... and... calculations. Estrutura 23

24 AMADEUS: Recursos e Ferramentas Escrita Aprendizado Avaliação Processos Ferramentas Referência Suporte Crítica CAPTEAP Recursos Expressões formulaicas e trechos reusáveis de textos Estruturas Esquemáticas Questões Críticas baseadas nos critérios de submissão de artigos para conferências Estratégias para escrever parágrafos 24

25 Ferramenta de Suporte Sistema baseado em casos que trabalha em cooperação com o escritor, seguindo 3 passos: i) obtenção dos componentes/estratégias de cada seção ii) seleção dos melhores exemplos recuperados pelo sistema iii) revisão do exemplo selecionado para auxiliar o usuário a inserir seu material específico Efetiva na criação de um texto informativo, com coerência e coesão Limitação Não fornece feedback (críticas) ao usuário relacionadas com suas escolhas 25

26 Raciocínio Baseado em Casos Entrada Caso do Usuário Recuperação Caso Aprendido Retenção + Conhecimento Geral Base de Casos Caso(s) Recuperados Reutilização Solução Confirmada Caso Reparado Revisão Caso Resolvido Solução Sugerida 26

27 1) Acesse o Scipo-Farmácia a partir do site do NILC (www.nilc.icmc.usp.br/nilc/index.html) 27

28 2) Escolha uma das seções do artigo Tela Inicial 28

29 Foi feita a escolha do Resumo... Modelo/Estrutura do Resumo Ajuda Local 29

30 Modelo/Estrutura do Resumo 30

31 Botões de Ajuda Local 31

32 Navegando pela base de resumos... 32

33 3) Escolha as estratégias e a ordem delas Para escrever qualquer seção do artigo primeiro escolha as estratégias para cada componente. depois escolha a ordem em que os componentes com suas estratégias serão organizados no texto. A ordem de componentes e estratégias que apresentamos nos modelos de cada seção do artigo é considerada boa e clara aos leitores recomendamos que você a siga, sempre que possível, pois seu texto será mais informativo e bem estruturado. 33

34 Vizualizando Exemplos de Estratégias... 34

35 Observação Você não precisa selecionar todas as estratégias de um componente apenas fique atento se as que você escolheu para um dado componente estão coerentes com as outras. No caso do componente Propósito, as estratégias Detalhar/Especificar o propósito e Apresentar mais propósitos são dependentes da estratégia Indicar o propósito principal. Isso significa que qualquer uma (ou as duas) das estratégias dependentes só poderá aparecer em uma estrutura que também contenha a estratégia Indicar o propósito principal. No caso do componente Resultado, a estratégia Comentar/Discutir os resultados é dependente da estratégia Descrever os resultados ou da estratégia Indicar os resultados. Isso significa que a estratégia Comentar/Discutir os resultados somente poderá ser utilizada em complemento à pelo menos uma das outras estratégias do componente Resultado. 35

36 Escolha da Estrutura de um Resumo Curto Botões da Área de Trabalho Área de Trabalho Um Clique 36

37 Botões da Área de Trabalho Permitem que você modifique a opção de componentes e estratégias que escolheu. O Sobe/Desce permite que você altere a ordem das estratégias. Se quiser apagar alguma delas, selecione-a com o recurso dos botões Sobe/Desce ou clique em cima da estratégia e depois clique no botão Exclui. Se você não gostou da ordem que escolheu, clique no botão Reinicia, para limpar a área de trabalho. 37

38 Recuperando casos similares... 38

39 Visualizando os casos similares... Duplo Clique 39

40 4) Modifique a Seleção ou Inicie a Redação 40

41 5) Edite o Texto 41

42 Reusando partes dos textos... Contadores ajudam a dosar quantidade de texto escrito para cada componente Marque o texto a ser reusado e copie para a área do componente específico 42

43 Marcadores Discursivos 43

44 6) Salve o arquivo gerado no formato RTF 44

45 Visualizando arquivo gerado... 45

46 Ferramenta de Crítica Trabalha colaborativamente em ciclos O usuário apresenta um produto para o sistema que dá feedback na forma de críticas para melhorar o produto Efetiva Em indicar a estruturação mais adequada para uma área Como recurso de ensino de EAP (Inglês para a o Propósito Acadêmico) Limitação Fornece somente críticas estruturais (componentes essenciais e ordem) e não de outra natureza 46

47 Abordagem de Críticas IA na Educação Domínio de Experiência Solução Proposta Domínio de Conhecimento Usuário Resolução do Problema Processo de Crítica Computador Objetivos Crítica Modelo do Usuário 47

48 Scipo (http://www.nilc.icmc.usp.br/~scipo/) 48

49 SciPo navegação pela base 49

50 SciPo componentes & estratégias 50

51 SciPo ciclo de críticas 51

52 SciPo ciclo de críticas 52

53 Casos recuperados 53

54 Casos comentados 54

55 Material de suporte no SciPo 55

56 Material de suporte no SciPo 56

57 Gargalo para a construção destas ferramentas baseadas em córpus A criação do córpus anotado com os componentes da estrutura esquemática (EE) é um processo caro que demanda especialistas da área de escrita científica e da área em questão Solução: aprendizado automático da tarefa 57

58 Abordagens de detectores automáticos de EE Argumentative Zoner (Teufel, 1999, 2002) Várias features léxicas, sintáticas e estruturais (algumas dependem da língua); aprendizado de máquina sobre um córpus pequeno anotado supervisionado (TEXTO) Mover (Antony & Laskia, 2003) Features baseadas em clusters (frases até 5 palavras) e na posição da sentença dentro do texto (independem de língua); aprendizado de máquina supervisionado sobre um córpus pequeno anotado (ABSTRACTS) S. Teufel Argumentative Zoning: Information Extraction from Scientific Text, unpublished PhD Thesis, School of Cognitive Science, University of Edinburg, Edinburg, UK. S. Teufel; M. Moens Summarising scientific articles - experiments with relevance and rhetorical status, Computational Linguistics 28 (4), p

59 Features em AZ 59

60 Mover anotando um resumo 60

61 AZPORT e AZEA AZPORT (Feltrim, 2004): AZ para resumos de teses e dissertações em português. AZEA (Genoves, et al, 2007): Features de AZPORT para resumos de artigos em inglês V. D. Feltrim Uma abordagem baseada em córpus e em sistemas de crítica para a construção de ambientes Web de auxílio à escrita acadêmica em português, unpublished. PhD Thesis, ICMC, University of São Paulo, Brazil. Genoves, et al Automatically detecting schematic structure components of English abstracts: building a high accuracy classifier for the task. A ser publicado no Workshop NPER da RANLP. 61

62 AZEA primeiros experimentos Classificador para resumos em inglês 6 classes contexto, lacuna, propósito, metodologia, resultado, conclusão Reimplemetação do AZ (Teufel & Moens, 2002) (Teufel, 1999) 7 features do AZ, que em grande parte também foram escolhidas para o AZPort Treinamento: Naïve Bayes do ambiente Weka (bons resultados para treinamento com poucos dados) 62

63 AZEA x MOVER mesmo córpus Córpus: 43 abstracts do SCIPO 63

64 AZEA experimentos finais 64

65 Segmentador textual e categorizador automático da estrutura retórica AZEA-WEB Metodologia para criar ferramentas como o SciPo-Farmácia para outros domínios. Disponível na Incubadora da FAPESP: 65

66 AZEA-WEB - abstracts 66

67 67

68 68

69 69

70 Trabalhos Atuais Automatização de uma Rubrica para Avaliar a qualidade da escrita de resumos em inglês PlanInt! Ferramenta de Crítica (Abordagem do SciPo) para planos de negócios em português Ferramentas de Suporte (Abordagem do Scipo- Farmácia) para artigos científicos das Engenharias. 70

71 Obrigada! Amadeus CALeSE SCIPO CALEAP-WEB CAPTEAP AZEA-WEB PlanInt! 71

72 Pulo do gato... Uso da base de exemplos para aprender características lingüísticas utilizada no gênero artigos científicos. Caso do componente Lacuna Caso do componente Propósito 72

73 Lacuna (GAP) Signal Words -- Special words are commonly used to indicate the beginning of the Gap. Connectors such as however are used for this purpose. The connector is followed immediately by a gap statement in the present or present perfect tense. Which often contains modifiers such as few, little, or no. Signal word + Gap (present or present perfect) + Research topic Subordinating conjunctions like while can also be used to signal the gap. If you use these kinds of signals, you must write a complex sentence typically using modifiers like some, many, or much in the first clause, and modifiers like little, few, or no in the second clause. Signal word + Previous work (present or present perfect) + Gap + Research topic 73

74 Exemplos do componente Lacuna na base de resumos Resumos - Exemplos de estratégias Estratégia escolhida: Lacuna -> * Casos encontrados: 4 Caso ab_20: 1) [Citar problemas/dificuldades] However, direct evidence of a causal role is limited and the source of reactive oxidants has not been identified. Caso ab_33: 1) [Citar problemas/dificuldades] Experiments in many laboratories have been limited by the availability of the enzyme, and its production required at least a week of work to complete its purification. Caso ab_55: 1) [Citar problemas/dificuldades] However, it is difficult to ensure that an oral preparation disintegrates specifically in the human colon. 2) [Citar necessidades/requisitos] To make a colonic delivery system practical for medical use, in vitro testing methods need to be established in order to determine the specifications of the preparations. Caso ab_60: 1) [Citar a ausência ou falta da pesquisa anterior] Although DNA codon optimization is a standard molecular biology strategy to overcome poor gene expression, to date no public software exists to facilitate this process. 2) [Citar problemas/dificuldades] Among the uses of codon optimization, human immunodeficiency virus (HIV) vaccine development represents one of the most difficult challenges. 74

75 Propósito Orientation and Tense -- You may write the statement of purpose of the work from one of two alternative orientations: 1 The orientation of the statement of purpose may be towards the report itself. If you choose the report orientation you should use the present or future tense. Report orientation + Main Verb (present or future) + Research question 2 Or the orientation of the statement of purpose may be towards the research activity. If you choose the research orientation you should use the past tense, because the research activity has already been completed. Research orientation + Main Verb (past) + Research question 75

76 Exemplos do componente Propósito na base de resumos Resumos - Exemplos de estratégias Estratégia escolhida: Propósito -> * Casos encontrados: 43 Caso ab_44: 1) [Apresentar o propósito com a metodologia] This paper presents an integrated process for the primary recovery of intracellular glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (G3PDH) and other proteins from bakers' yeast wherein cell disruption and aqueous two-phase systems (ATPS) were operated simultaneously. Caso ab_06: 1) [Apresentar o propósito principal] Here we show that most human tumors constitutively express IDO. Caso ab_29: 1) [Apresentar o propósito principal] The objective in this study was to determine if a simple, fed-batch, process strategy-pulsed addition of limiting-carbon source-could be used to reduce fungal broth viscosity, and increase productivity of an industrially relevant recombinant enzyme (glucoamylase). Caso ab_69: 1) [Apresentar o propósito principal] In this study we investigated whether a RGD-SA mutant that links SA to EC integrin receptors, and eliminates EC biotinylation, improves EC adhesion. 76

77 Segundo exercício para avaliar a consciência dos gêneros de pesquisa científica Utilizando a estrutura textual de um resumo como apresentada no SCIPO-Farmácia (Contexto Lacuna Propósito Metodologia Resumo Conclusão) e o seguinte resumo. Pede-se: Dividam e classifiquem as sentenças do resumo de acordo com os componentes da estrutura. 77

78 Protein Expression and Purification Volume 34, Issue 1, March 2004, Pages Overexpression and rapid purification of Escherichia coli formamidopyrimidine DNA glycosylase Abstract Formamidopyrimidine DNA glycosylase (Fpg) is a DNA glycosylase with an associated AP lyase activity. As a DNA repair enzyme, Fpg excises several modified bases from DNA associated with exposure to oxidizing agents such as free radicals. Experiments in many laboratories have been limited by the availability of the enzyme, and its production required at least a week of work to complete its purification. We have devised a new method that decreases the time and expense of purification of Fpg that should render this protein accessible to any laboratory. Fpg was subcloned into a λ PL promoter-containing vector (pre) and overproduced in the appropriate Escherichia coli host cells to about 25% of the total cellular protein. Fpg was purified to homogeneity in a simple two-step procedure with a 50% saving in time when compared to the previously known procedure. Comparative studies showed that the excision of 8-hydroxyguanine, 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine, and 4,6-diamino-5- formamidopyrimidine, and to a lesser extent, 8-hydroxyadenine was virtually identical for the Fpg purified using this method and for the Fpg purified by the original method. Therefore, this method should prove useful for a large number of laboratories and further research on oxidative DNA damage. 78

79 Abstract Formamidopyrimidine DNA glycosylase (Fpg) is a DNA glycosylase with an associated AP lyase activity. As a DNA repair enzyme, Fpg excises several modified bases from DNA associated with exposure to oxidizing agents such as free radicals. Experiments in many laboratories have been limited by the availability of the enzyme, and its production required at least a week of work to complete its purification. We have devised a new method that decreases the time and expense of purification of Fpg that should render this protein accessible to any laboratory. Fpg was subcloned into a λ PL promoter-containing vector (pre) and overproduced in the appropriate Escherichia coli host cells to about 25% of the total cellular protein. Fpg was purified to homogeneity in a simple twostep procedure with a 50% saving in time when compared to the previously known procedure. Comparative studies showed that the excision of 8-hydroxyguanine, 2,6-diamino-4-hydroxy-5- formamidopyrimidine, and 4,6-diamino-5-formamidopyrimidine, and to a lesser extent, 8-hydroxyadenine was virtually identical for the Fpg purified using this method and for the Fpg purified by the original method. Therefore, this method should prove useful for a large number of laboratories and further research on oxidative DNA damage. 79

80 Link: Overexpression and rapid puri.cation of Escherichia coli formamidopyrimidine-dna glycosylase Prasad Reddy, Pawel Jaruga, Tim O'Connor, Henry Rodriguez and Miral Dizdaroglu Contexto: Familiarizar termos, objetos e processos Formamidopyrimidine DNA glycosylase (Fpg) is a DNA glycosylase with an associated AP lyase activity. Contexto: Familiarizar termos, objetos e processos As a DNA repair enzyme, Fpg excises several modified bases from DNA associated with exposure to oxidizing agents such as free radicals. Lacuna: Citar problemas/dificuldades Experiments in many laboratories have been limited by the availability of the enzyme, and its production required at least a week of work to complete its purification. Propósito: Apresentar o propósito principal We have devised a new method that decreases the time and expense of purification of Fpg that should render this protein accessible to any laboratory. Metodologia: Citar/Descrever materiais e métodos Fpg was subcloned into a k PL promoter-containing vector (pre) and overproduced in the appropriate Escherichia coli host cells to about 25% of the total cellular protein. Metodologia: Citar/Descrever materiais e métodos Fpg was purified to homogeneity in a simple two-step procedure with a 50% saving in time when compared to the previously known procedure. Resultado: Comentar/Discutir os resultados Comparative studies showed that the excision of 8-hydroxyguanine, 2,6-diamino-4-hydroxy-5- formamidopyrimidine, and 4,6-diamino-5-formamidopyrimidine, and to a lesser extent, 8- hydroxyadenine was virtually identical for the Fpg purified using this method and for the Fpg purified by the original method. Conclusão: Apresentar contribuições/valor da pesquisa Therefore, this method should prove useful for a large number of laboratories and further research on oxidative DNA damage. 80

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