Management System for Collections of Biotechnological Interest

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1 Management System for Collections of Biotechnological Interest Sidnei de Souza Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA Rio de Janeiro, July 2008

2 What is SICol? SICol is a multi-user, multi-platform, multi-language software, being developed by the Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA, sponsored by the Financiadora de Estudos e Projetos, Finep. Its goal is to improve management and documentation processes in biological collections (currently focused on archaea, bacteria, filamentous fungi, yeasts and protozoa), ensuring the traceability of procedures and open dissemination of data through the internet. (on-line catalogue, SIColNet and the specieslink network).

3 Software design CABRI guidelines were adopted for the basic design Several meetings with collection curators to adapt concepts and guidelines to basic requirements Efforts to have a single implementation model for all different collections Special attention to the user interface, keeping it as clean, logical, and friendly as possible Controlled vocabulary should be used wherever possible Free text fields to store general information Basic text formatting tools (such as bold, italic, hyperlinks) when entering data in free text fields should be available When entering free text, internal references to documents, bibliographic references, and taxa

4 User interface - List

5 User interface - View

6 User interface - Edit Super script hyperlink Bold italic

7 Software design - Technological Characteristics Multi-Platform Windows, Linux, MacOS, etc. Multi-Web Server Apache, Microsoft IIS, etc. User friendly interface Multi-Browser Mozilla Firefox, Microsoft IE, Safari, etc. Multi DBMS MySQL PostgreSQL, MS-SQL Server, etc. Multi-Language for use Navigation menus and field labels in different languages Portuguese and English: default implementation Multi-Language for content Some fields should have their contents in more than one language.

8 Software design Security Multi-user Users Groups Access control by record Tracing operations All operations will be registered to allow traceability of any changes made on each record. Most non-free text fields are configurable The content of each pre-defined field can be configured by the administrator to meet specific needs Names Dictionary Support to the Taxa module data Available on-line at

9 Security Level 1 Applied to: each user permissions: Access to Sub-Collections Level 2 Applied to: each user and/or group permissions: Create and/or Delete each record on each module Level 3 Applied to: each user and/or group permissions: View and/or Edit each record on each module Level 4 Applied to: each record on each module permissions: make records available to the open Catalogue MÓDULOS MÓDULOS Taxa Taxa Strains Strains Institutions Institutions People People Documents Documents Bibliographic Bibliographic References References Preservation Preservation Distribution Distribution

10 Already implemented components Documentation (archaea, bacteria, fungi, yeast e protozoa) Modules: Strains Taxa Institutions People Documents Bibliographic References Operations: Insert, Edit, and Search Documentation of processes Preservation Distribution Quality Control Stock Control (minimum stock alert) Catalog for external on-line access, version 1

11 TAXA TAXA* INSTITUTIONS INSTITUTIONS PEOPLE PEOPLE DOCUMENTS DOCUMENTS REFERENCES REFERENCES PRESERVATION PRESERVATION DISTRIBUTION DISTRIBUTION GENERAL GENERAL IDENT IDENT DEPOSIT DEPOSIT GROWTH GROWTH CHARS CHARS PROPS PROPS STOCK STOCK COLLECT COLLECT ISOLATION ISOLATION QC QC STOCK MAP STOCK MAP ON ON-LINE LINE CATALOG CATALOG ADVANCED SEARCH ADVANCED SEARCH & REPORTS REPORTS USERS USERS ACCESS ACCESS CONTROL CONTROL GROUPS GROUPS CONFIG CONFIG LOG LOG USER S USER S MANUAL MANUAL iocl cbmai STRAINS STRAINS Software status Software status

12 Software status Installation Database Database Collection 1 Collection 2 Sub-collection 1 CCC-B Sub-collection 2 CCC-L sub-collection 1 CCM Strain 1 Strain 3 Strain 2 Strain 1 Strain 2 Strain number is unique for each collection Multi-collection and sub-collections

13 General View INSTALATION USERS GENERAL INSTITUTIONS DATABASE PEOPLE GENERAL SEGURITY SEGURITY GENERAL DOCUMENTS COLLECTION REFERENCES GENERAL SEGURITY SEGURITY GENERAL TAXA SUB-COLLECTION STRAINS GENERAL SEGURITY ORIGIN ISOLATION GENERAL SEGURITY PRESERVATION IDENTIFICATION DEPOSIT GENERAL SEGURITY DISTRIBUTION GROWTH CHARACTERISTICS PROPERTIES QC STOCK SECURITY

14 Installation examples Single user installation Local area network with a shared desktop Local area network with a dedicated server Multi-Architecture

15 Installation examples Network with multiple dedicated servers Multi-Architecture

16 Software status Next steps Under development/analysis Configurable Nomenclature (re-implementation) Stock mapping/position Advanced Search Specific Reports SIColNet and specieslink integration History of Operations (traceability) Complementary Activities Real world tests with two collections: CBMAI and CLIOC Analysis of existing data, re-structuring, and import User s Manual ( current version: 1.16, April 2008)

17 Nomenclature setup

18 Stock position

19 Advanced search & reports

20 Interoperability data splinker SICol Management

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51 Thank you! Sidnei de Souza Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA

52 Free OpenSource: Layers Estruturar o sistema a fim de prover níveis suficientes de segurança, com uma arquitetura que ofereça uma qualidade de software compatível aos modelos abertos, o que possibilitará facilidades no entendimento, manutenção e expansões futuras. Esta estrutura segue o modelo de Arquitetura em Camadas, onde se tem: Camada de Apresentação Camada de Negócio Camada de Composição Camada de Dados

53 Free OpenSource: Camadas Camada de Apresentação onde se reúne código e arquivos referentes ao que se apresenta ao usuário final. Esta camada, para uma interface web, ainda é dividida em quatro partes: Interação: arquivos de código em linguagem JavaScript, proveêm uma melhor experiência de utilização do sistema pelo usuário final; Página: arquivos de código XHTML (Extensible HyperText Markup Language), proveêm a estrutura de cada página do sistema; Formatação: arquivos de código CSS (Cascading Style Sheets), definem toda a formatação e disposição de textos e objetos em cada página do sistema. Ilustração: arquivos de imagem utilizados nas páginas do sistema. Camada de Negócio módulos em linguagem Python que reúnem todo o entendimento, lógica e funcionamento do sistema. Estão sendo desenvolvidos utilizando-se o conceito de Programação Orientada à Objetos (POO), que é adotado amplamente no setor de desenvolvimento por contribuir significamente pela independência de componentes, permitindo reutilizações e expansões rápidas e eficientes sem comprometer as bases da estrutura.

54 Free OpenSource: Camadas Camada de Composição contém arquivos necessários e/ou auxiliares que podem ser usados por todas as demais camadas. Neste sistema, temos três partes desta camada: SQL: módulos independentes de código SQL (Structured Query Language) usados de acordo com o Sistema Gerenciador de Banco de Dados (SGBD) em uso. Translations: arquivos que contém traduções de tela para os idiomas usados no sistema. Configs: arquivo usado para configurar a instalação do sistema e suas variáveis de ambiente. Camada de Dados onde ficam as bases de dados mantidas pelos seus respectivos sistemas gerenciadores.

55 Free OpenSource: Padrões Programação Orientação a Objetos; [1][2] Implementação em multi-camadas. [3][4][5] XML [19] Banco de Dados MySql 5.0 [16] Sqlite [17] ISO/ANSI SQL-92 [18] Interface XHTML 1.1; [6] CSS 2.1; [7] JavaScript Cross-browser; [8][9] AJAX; [10][11] Tableless. [12] Dados RFC 3066; [13] ISO 639; [14] ISO [15] Referências [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19]

56 Proposta de Instalação do SICol na Fiocruz Servidor IOC Acesso Interno Coleções Acesso externo Internet BD1 BD2 SICol software BD3 BD4 Filtros SICol catálogo BDn

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