Pesquisador em Saúde Pública Prova Discursiva INSTRUÇÕES

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1 Epidemiologia Molecular Pesquisador em Saúde Pública Prova Discursiva 1. Você recebeu do fiscal o seguinte material: INSTRUÇÕES a) Este Caderno de Questões contendo o enunciado das 2 (duas) questões da prova discursiva. b) 1 (um) Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva, onde você deverá transcrever a resposta de cada uma das questões da prova discursiva no lugar apropriado, usando tinta azul ou preta. 2. Somente após autorizado o início da prova, verifique se este Caderno de Questões está completo e em ordem. Notifique ao fiscal qualquer irregularidade IMEDIATAMENTE. Folhear o Caderno de Questões antes do início da prova implica na eliminação do candidato. 3. Tenha muito cuidado com o Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva para não DOBRAR, AMASSAR ou MANCHAR. 4. Cada uma das questões discursivas deverá ter como resposta um mínimo de 50 e um máximo de 120 linhas. 5. O caderno de texto definitivo da prova discursiva não poderá ser assinado, rubricado e/ou conter qualquer palavra e/ou marca que o identifique, sob pena de ser anulado. Assim, a detecção de qualquer marca identificadora no espaço destinado à transcrição dos textos definitivos acarretará nota ZERO na respectiva prova discursiva. 6. Não deixe de transcrever a resposta das questões da prova discursiva para os Cadernos de Texto Definitivo da Prova Discursiva, único documento válido para a correção das questões (o rascunho não será considerado). 7. O tempo de duração das provas será de 4 (quatro) horas, incluindo o tempo para o preenchimento do Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva. Nenhum rascunho SERÁ LEVADO EM CONTA. 8 Quando terminar, entregue ao fiscal o Caderno de Questões e o Caderno de Texto Definitivo da Prova Discursiva. ASSINE OBRIGATORIAMENTE A LISTA DE PRESENÇA.

2 Questão 01 Ashley C et al. Serum microrna expression as an early marker for breast cancer risk in prospectively collected samples from the Sister Study cohort. Breast Cancer Research 2013, 15:R42 Introdução: Os micro RNAs (mirnas) estão envolvidos em processos biológicos fundamentais incluindo desenvolvimento, diferenciação, apoptose e proliferação, e acredita-se que eles agem predominantemente como reguladores pós-transcricionais que podem ou degradar seus mrna-alvos ou reprimir sua translação. Um único mirna pode ter múltiplos mrna-alvo, e até 30% dos genes humanos podem ser regulados por mirna. Tem sido mostrado que a desregulação do mirna está presente em muitos tipos de tumores, os quais, dependendo dos mrnas-alvo específicos, podem agir ou como supressor tumoral ou como oncogenes. No câncer de mama, tem sido mostrado uma correlação entre os níveis de mirna pós-diagnóstico com um conjunto de características tumorais incluindo estadiamento, invasão vascular, índice de proliferação, status de receptores de estrogênio e progesterona, e pode ter valor prognóstico. Metodologia: Assim, foi realizado um estudo num grupo de mulheres americanas sem câncer de mama, que tinham uma irmã que tivesse tido câncer de mama. No início do estudo foi feito uma entrevista e uma amostra de sangue foi coletada, e seus elementos separados e armazenados a C. Essas mulheres foram seguidas ao longo do tempo e aquelas que foram diagnosticadas com câncer de mama até 18 meses após a coleta do soro (n=205) foram selecionadas como caso. Para cada caso, foi selecionado na base do estudo (50.884) um controle pareado por idade (+ 5 anos), etnia, data de coleta de sangue (+ 2 meses) e ter sido seguida até o momento do diagnóstico do caso. O RNA foi extraído usando um kit de extração de RNA e foi hibridizado usando o GeneChip mirna 2.0 array. As matrizes foram lavadas e coradas usando o protocolo Affimetrix padrão e escaneadas usando o Affymetrix GCS G Scanner. Para determinar os melhores mirna candidatos para a normalização da PCR em nosso conjunto de dados, rodamos o conjunto dos 47 mirna expressos em quase todos os indivíduos através do software NormFinder. Para cada matriz, o conjunto de sinais das sondas de mirna foram comparados com a distribuição de sinais para sondas antigenômica que tinham a combinação do conteúdo GC (mirna QC Tool, version ) e, de acordo com as recomendações do fabricante, foi usado p-valor < 0,06 do teste Wilcoxon rank-sum test para identificar os mirnas cuja expressão estava acima no valor de base. Foram encontradas 414 sondas de mirna acima do valor de base. Após esta etapa foi realizada uma Regressão Logística condicional para identificar sondas dos mirnas expressos diferencialmente entre casos e controles, para as 414 sondas. Em seguida, dentro do grupo de casos foi avaliada a associação da expressão dos mirnas no soro com as diferentes características do tumor incluindo status hormonal (RE, RP, e HER2) e status linfonodal. Resultados: Dos mirnas humanos no chip, 414 foram expressos acima dos níveis de base em 50 ou mais mulheres. Ao compararmos a média de expressão entre casos e controles usando a regressão logística, encontramos que 21 mirna estavam expressos de forma diferenciada (superexpressos ou sub-expressos), (p<0,05). Sabe-se que esses 21 mirna expressos diferencialmente atuam em pelo menos 82 genes-alvo, incluindo genes envolvidos nos processos carcinogênicos. Na análise feita, nos casos, restrita aos 21 mirna, encontramos 7 mirnas com expressão diferencial para mulheres cujo tumor diferiu pela expressão de HER2, e 10 mirna com expressão diferencial por status Nodal. Responda: a) Qual o delineamento deste estudo? Como ele é caracterizado? Quais são suas vantagens e desvantagens? b) Explique as razões pelas quais os autores escolheram este delineamento de estudo para investigar a possível alteração de expressão de mirnas em câncer de mama, argumentando suas vantagens no contexto deste estudo. c) No estudo acima é possível observar três diferentes abordagens no processo de análise estatística dos dados. Explique cada uma delas, justificando o motivo pelo qual essas análises são indicadas nesta fase de investigação sobre a expressão de mirna no câncer de mama. 2

3 Questão 02 Hamza et al. Genome-Wide Gene-Environment Study Identifies Glutamate Receptor Gene GRIN2A as a Parkinson s Disease Modifier Gene via Interaction with Coffee. PlosGenetics August 2011 Volume 7 Issue 8 Genome-wide association studies (GWAS) tem identificado vários loci de suscetibilidade para muitas desordens comuns com sucesso, variando desde traços comportamentais (ex. dependência química) até doenças neurodegenerativas (ex. doença de Parkinson e Alzheimer). Apesar disso os GWAS têm falhado em estabelecer o padrão hereditário dessas doenças, e tem sido levantada a hipótese de que fatores ambientais possam estar interagindo com os fatores genéticos modulando o risco de adoecimento. Sabe-se que a inclusão de fatores ambientais-chave nos GWAS é o próximo passo para decifrar a estrutura genética de desordens multifatoriais comuns. Desta forma, foi desenvolvido o Genome-wide Association and Interaction studies (GWAS) como alternativa a esta lacuna. A Doença de Parkinson (PD) é progressiva e não existe tratamento atual disponível que previna ou reduza a progressão da doença. Na última década, vários genes têm sido identificados como etiológicos e outros são loci de suscetibilidade para PD. Além disso, existem estudos epidemiológicos que mostram que o tabagismo e consumo de café com cafeína estão associados a uma redução no risco de desenvolvimento de PD. Assim, nosso objetivo foi identificar os genes que aumentam ou diminuem o efeito protetor do café com cafeína para uso como biomarcador para prevenção farmacogenética e tratamento, incluindo o GRIN2A. Métodos: Para o presente estudo foram utilizadas amostras fornecidas pelos projetos Parkinson, Environment, and Gene (PEG), Parkinson s, Genes, and Environment (PEGE) do estudo de coorte de dieta- NIH-AARP (NGEC), e Hussman Institute for Human Genomics - HIHG. Todas as pessoas com PD foram diagnosticadas por um neurologista usando um critério padronizado. Os controles foram sujeitos que se autodeclararam sem PD. Os casos e controles foram indivíduos americanos caucasianos não hispânicos não relacionados (não eram parentes). Os números de casos/controles com genótipos foram NGRC=1458/931, PEG=280/310, PAGE=525/1474, HIHG =209/133. As exposições à cafeína foram coletadas como dados de ingesta de café cafeinado consumidos ao longo da vida, mensurados em xícaras/dia multiplicado pelo número de anos de consumo (ccy). Somente casos incidentes de PD diagnosticado após 1997 foram incluídos na análise. Não foi possível distinguir os ingredientes bioativos contidos no café cafeinado. Foi utilizado a mediana de ccy ou mg de café nos controles dentro de cada conjunto de dados (excluindo aqueles com ingesta zero) para estabelecer o ponto de corte para bebedores pesados (> que mediana) vs. Bebedores leves (0 < mediana). A genotipagem GWAS foi feita usando Illumina HumanOmni1-Quad_v1-0_B array adquirido 99.99% de reprodutibilidade. Foram observados 512 casos e 387 controles do grupo de bebedores pesados de café, e 946 casos e 544 controles do grupo de bebedores leves de café. Testamos a associação de SNPs com PD em cada grupo usando o GWAS padrão com 1 grau de liberdade. Usamos o PLINK ajustado para idade e sexo. O GWAS estratificado foi repetido com tabagismo, refrigerante cafeinado e chás com adição de cafeína e adicionadas como covariáveis. Testamos a heterogeneidade entre os estudos usando o teste estatístico de Breslow-Day. Não houve heterogeneidade no uso de café, nas frequências dos genótipos dos SNPs n rs _cc ou em rs _tc. No entanto, a frequência do genótipo rs _tt, que é bastante raro, variou significativamente entre os estudos. Houve um total de 26 casos e 26 controles com o genótipo rs _tt em Replicação e Descoberta combinada. Dada a imprevisibilidade da heterogeneidade em rs _tt, realizamos uma análise genotípica-específica (comparando TC para CC, excluindo TT) assim como modelos aditivos e dominantes os quais incluíram TT. Os dados categóricos foram analisados usando regressão logística e foram ajustadas por sexo e idade, e por fonte de dados quando os dados foram agrupados. Os valores de P sofreram a correção do limiar de Bonferroni para todos os SNPs da matriz, sendo P< 6.4x10-8. Foi utilizada a correção de Bonferroni para múltiplos testes para GWAS baseado na estimativa do número de ensaios independentes, permitindo uma análise de Desequilíbrio de Ligação (LD) de marcador para marcador. Responda: a) Os autores optaram pela realização de um estudo GWAIS ao invés de apenas GWAS. Explique como se caracteriza cada um desses estudos e quais são as indicações para utilização dos mesmos e suas implicações metodológicas (desenho, tamanho amostral, etc), vantagens e desvantagens. b) Observe os achados deste estudo referentes à análise da interação gene-ambiente apresentados na tabela abaixo. Interprete criticamente esses achados, considerando o desenho e análise deste estudo. 3

4 4

5 Rascunho da Questão 01 5

6 Rascunho da Questão 01 6

7 Rascunho da Questão 01 7

8 Rascunho da Questão 01 8

9 Rascunho da Questão 02 9

10 Rascunho da Questão 02 10

11 Rascunho da Questão 02 11

12 Rascunho da Questão 02 12

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