NEUROLOGIA NEUROLOGIA PEDIÁTRICA. 20 anos de experiência no diagnóstico genético

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1 NEUROLOGIA NEUROLOGIA PEDIÁTRICA 20 anos de experiência no diagnóstico genético

2 SERVIÇO INTEGRAL DE GENÉTICA MÉDICA Nos últimos 20 anos, o conhecimento das bases genéticas de doenças neurológicas desenvolveu-se de uma forma vertiginosa devido, fundamentalmente, ao avanço das tecnologias de genotipagem. Hoje em dia, as análises de genética molecular são fundamentais para o diagnóstico das doenças neurológicas e para o estabelecimento do seguimento clínico mais adequado. Uma grande parte das doenças neurológicas são consequência de alterações genéticas, sendo por isso necessário realizar estudos exaustivos de modo a aconselhar os doentes e seus familiares sobre a possibilidade de recorrência da doença em si ou na sua descendência. Em última análise, o aconselhamento genético realizado por especialistas permite, entre outros aspetos, transmitir de uma forma clara os dados de predisposição e risco, favorecendo a adaptação dos doentes ao diagnóstico. O CGC Genetics coloca à sua disposição mais de 20 anos de experiência no diagnóstico clínico e molecular de doenças genéticas. Os nossos serviços focam-se nas patologias neurológicas com maior componente hereditária. Oferecemos-lhe a oportunidade de analisar as diferentes patologias, focando o estudo nas seguintes opções: - sequenciação simultânea de vários genes responsáveis por uma mesma patologia por sequenciação de nova geração (NGS) - sequenciação e análise de deleções/duplicações de um gene específico, responsável pela patologia - estudo de uma mutação familiar Além disso, colocamos à sua disposição painéis alargados de genotipagem com aplicações na farmacogenética e, ainda, as nossas consultas de Neurogenética e Genética Médica. Se não encontrar o teste genético pretendido, por favor contacte-nos. Esta é uma lista em crescimento contínuo. 2

3 CONSULTAS DE GENÉTICA MÉDICA E NEUROGENÉTICA O CGC Genetics dispõe de médicos geneticistas especializados em aconselhamento genético em doenças neurológicas. A consulta de Genética Médica consiste numa interação médico-doente que aborda problemas relacionados com a presença de uma doença genética e o seu risco de recorrência num familiar. É um processo que ajuda os doentes a entender e a adaptar-se às implicações médicas, psicológicas e familiares que a doença genética acarreta. Este processo integra: A recolha e interpretação da história pessoal e familiar para determinar a possibilidade de recorrência de uma doença genética. A disponibilização de informação sobre o modo de hereditariedade, o tipo de teste a realizar, a evolução da doença, a sua prevenção, etc O aconselhamento sobre as diferentes opções dependendo do risco e condição de cada doente. Trabalhamos com a generalidade das seguradoras que, na sua maioria, cobrem a consulta de Genética Médica. Relativamente aos exames genéticos, a sua cobertura depende da seguradora e do tipo de apólice de cada doente. Se tiver qualquer dúvida referente a este assunto teremos todo o gosto em ajudar. 3

4 ESTUDOS GENÉTICOS SEQUENCIAÇÃO DE NOVA GERAÇÃO (NGS) 4 A sequenciação de nova geração (NGS) permite sequenciar, num único teste, um gene, vários genes (painel) ou incluir o exoma completo. Esta tecnologia proporcionou um avanço significativo na capacidade de diagnóstico genético ao encurtar prazos e diminuir custos. No entanto, é importante ter presente que nem todas as opções disponíveis no mercado oferecem a mesma cobertura e, portanto, a mesma capacidade de diagnóstico. Para compreender a capacidade de diagnóstico actual é essencial ter presentes os conceitos de cobertura e profundidade de cobertura. A cobertura representa a percentagem de regiões-alvo que são de facto avaliadas. Uma cobertura de 100% significa que seremos capazes de detectar uma mutação em qualquer parte dessas regiões-alvo do gene. Se a cobertura for inferior a 100%, haverá regiões que não serão analisadas. A profundidade de cobertura representa o número de vezes que uma região-alvo é sequenciada ou lida. O NGS é levado a cabo através de um sistema de leitura múltipla, isto é, cada região é sequenciada e lida múltiplas vezes. Para poder detectar uma mutação em heterozigotia é necessário uma profundidade mínima de 20X. A baixo deste número de leituras várias mutações podem não ser detectadas. Quanto maior for a profundidade de cobertura, maior será a capacidade de detecção. Assim, a condição ideal é ter uma profundidade de cobertura mínima de 20X com uma cobertura de 100% das sequências codificantes (exões) dos genes, das regiões flanqueantes que regulam o splicing e com uma cobertura média superior a 100 X. 4

5 É importante ter em conta que a sequenciação do exoma não detecta todas as mutações passíveis de causar a doença em questão, devido a limitações da própria técnica ou ao facto de algumas mutações se encontrarem fora do exoma: no DNA mitocondrial (fora do núcleo da célula) ou em regiões intrónicas. Mais precisamente, esta metodologia pode não detectar mutações por inserção ou delecção de 10 ou mais nucleótidos. Esta tecnologia também não permite a identificação de alguns tipos de mutações, nomeadamente expansões de repetições. 1. Todos os painéis NGS disponíveis no CGC Genetics são desenhados pela nossa equipa, com uma profundidade de cobertura média de 100X e com uma cobertura das regiões codificantes de todos os genes de 100%, o que confere uma elevada capacidade de diagnóstico. 2. O exoma clínico é desenhado para produzir uma profundidade de cobertura média de 100X e mínima de 20X em mais de 95% dos exões incluídos, com uma cobertura de mais de 95%, o que implica uma leitura muito completa das sequencias codificantes analisadas, a um nível de leitura que possui capacidade de diagnóstico na grande maioria das regiões. 3. A sequenciação do exoma completo possibilita uma profundidade de cobertura média de 70X com uma cobertura das regiões codificantes entre 85 a 95%, tendo algumas das regiões uma profundidade de cobertura menor que 20X. Nestas circunstâncias, os painéis realizados a partir do exoma completo têm menor capacidade de diagnóstico, por não analisarem a totalidade das regiões e por parte das regiões analisadas não terem a profundidade de cobertura mínima necessária. Etapa Profundidade de cobertura média Profundidade de cobertura mínima Cobertura Painel específico 100X 20X 100% Exoma clínico 100X 20X em > 95% > 95% Exoma completo 70X 85-95% Os painéis NGS encontram-se em constante actualização podendo variar, ou seja, incluir mais ou menos genes segundo critérios clínicos. Além dos apresentados, existem outros painéis à sua disposição. Para mais infomações relativas aos painéis disponíveis, por favor contacte-nos. 5

6 EXOMA CLÍNICO (DISEASE EXOME BY CGC GENETICS) O exoma clínico é o maior painel de sequenciação disponível na actualidade. O DNA contém genes, dos quais cerca de estão relacionados com uma patologia ou fenótipo clínico. O exoma clínico é um painel de sequenciação que inclui genes clinicamente relevantes (96%), possibilitando uma grande cobertura de todos os exões incluídos nestes genes ( exões), o que proporciona capacidade de diagnóstico e, consequentemente, grande fiabilidade. A tecnologia utilizada para a realização deste painel é a sequenciação de nova geração (NGS). O teste é desenvolvido com base na informação obtida na Human Gene Mutation Database (HGMD) e no catálogo Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). O painel também proporciona uma cobertura das regiões flanqueantes dos exões (locais de splicing). O facto de este painel ser dirigido aos genes associados a patologia, permite que o estudo se realize exclusivamente no doente, não sendo necessária a realização de exoma clínico aos progenitores para descartar variantes de significado desconhecido. Este factor torna o teste mais acessível relativamente à sequenciação do exoma onde muitas vezes é recomendado o estudo do trio (mão, pai e filho). APLICAÇÕES DO EXOMA CLÍNICO Este painel é uma ferramenta de diagnóstico colocada à disposição dos especialistas e dirigida aos doentes que apresentam um fenótipo incerto ou complexo e que, por isso, não possuem um diagnóstico claro ou uma orientação diagnóstica definida. O exoma clínico permite diferentes aproximações ao diagnóstico: uma filtragem ou foco do estudo em determinados genes que o especialista considere de interesse ou estende a análise a todos os genes incluídos no painel. Os dados do exoma clínico são interpretados pelos nossos médicos geneticistas, obtendo-se com isso uma clara integração clínica dos resultados. ESTUDO DO DNA MITOCONDRIAL Nas técnicas de sequenciação do exoma é sequenciado o DNA nuclear, sendo excluído o DNA mitocondrial. Este último contém 37 genes implicados em diferentes doenças, denominadas doenças mitocondriais. Colocamos à sua disposição um painel de doenças mitocondriais que inclui a sequenciação completa através de NGS dos 37 genes referidos. 6

7 ARRAY CGH As anomalias cromossómicas são a principal causa de atraso do desenvolvimento psicomotor. As técnicas de citogenética clássica, como a análise de cariótipo e FISH, foram utilizadas durante décadas para a identificação destas anomalias, apesar das limitações associadas à sua baixa resolução. A análise cromossómica realizada através da técnica de microarray, o array CGH, é uma técnica analítica de alta resolução que permite um estudo detalhado de todo o genoma. Desde 2007, o array CGH é uma técnica utilizada na prática clínica. A partir 2009, foi estabelecido como critério clínico e científico consensual 1,2,3, a utilização desta análise como primeira abordagem no estudo do atraso do desenvolvimento psicomotor, autismo ou síndromes polimalformativos, quando a clínica não é sugestiva de um síndrome genética específico. A generalidade das soluções oferecida pelo CGC Genetics incluem uma resolução analítica muito elevada juntamente com uma interpretação clínica dos resultados realizada pelos nossos médicos geneticistas. Esta combinação de recursos permite que se cumpram os mais altos standards europeus de qualidade no campo da Genética Médica. O array CGH pode apresentar-se com diferentes resoluções, tendo a maior resolução, maior capacidade de diagnóstico. O CGC Genetics coloca à sua disposição o array CGH de 750K, sendo que: - 550K são oligonucleótidos e servem para dectetar as perdas e ganhos de DNA, com grande resolução - 200K são SNPs e servem para detectar perdas de heterozigotia (LOH) e dissomias uniparentais. O CGC Genetics tem também disponível o array CGH com resolução muito mais elevada, marcadores. O array CGH disponível no CGC Genetics utiliza a plataforma Affymetrix, uma plataforma mista que permite detectar, além de perdas e ganhos de DNA, as LOH, importantes no diagnóstico de doenças recessivas e as dissomias uniparentais. A plataforma Affymetrix, utilizada no CGC Genetics, é a única validada pela FDA para uso no diagnóstico de atraso psicomotor, autismo e síndromes polimalformativos. 1 Array CGH in patients with learning disability (mental retardation) and congenital anomalies: updated systematic review and meta-analysis of 19 studies and 13,926 subjects. Sagoo GS, et al. Genet Med ar;11(3): Array analysis and karyotyping: workflow consequences based on a retrospective study of 36,325 patients with idiopathic developmental delay in the Netherlands. Hochstenbach R, et al. Eur J Med Genet Jul-Aug;52(4): Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Miller DT, et al. Am J Hum Genet May 14;86(5):

8 MKT.O2.1 7 SOBRE O CGC GENETICS Fundado em 1992, o CGC Genetics é líder em testes de Genética Médica em Portugal e é um dos principais laboratórios de genética clínica Europeus. O CGC, com sede no Porto, reforçou o seu investimento com instalações em Lisboa, nos EUA (Newark) e em Espanha (Madrid), recebendo amostras para testes genéticos de todo o mundo, desde Hospitais, nacionais e internacionais, públicos e privados, bem como clínicas, companhias de seguros e universidades. Usando as últimas tecnologias e uma rigorosa política de qualidade, o CGC Genetics tem, além de um departamento clínico com 7 Médicos Especialistas em Genética Médica, mais de 50 Geneticistas altamente qualificados divididos por 5 áreas laboratoriais diferentes: Genómica Clínica, Diagnóstico Molecular, Citogenética, Rastreio Pré-natal e Anatomia Patológica que oferecem mais de testes genéticos de rastreio e diagnóstico pré-natal, hematologia, oncologia, neurologia, oftalmologia, cardiologia, medicina preventiva, doenças comuns e raras, farmacogenética/ensaios clínicos. Dispõe ainda de elevada experiência no array CGH, painéis NGS e Exoma Clínico analisado e interpretado com uma elevada integração clínica. 11 O grande investimento na inovação e desenvolvimento de novos e exclusivos testes, colocam o CGC Genetics como centro de referência internacional (com mais de entradas em diferentes directórios de testes genéticos), sendo para algumas doenças, o prestador exclusivo de diagnóstico. Para sua maior comodidade e segurança, os relatórios dos seus doentes são disponibilizados online através do nosso portal do cliente. Por favor registe-se contactando dcc@cgcgenetics.com. Para mais informações visite-nos em: PORTUGAL dcc@cgcgenetics.com T: ESPANHA clientes@cgcgenetics.com T: INTERNACIONAL customercare@cgcgenetics.com 8